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エリアエクスパンション ECを一定額支払うことで、エリアを拡張できるシステム。 ハンターキャンプのものはクエストに多く関わっている。 ハンターキャンプ4 ハンターキャンプ1の左側にある00番棟の中を掘り進む。 ハンターキャンプ4は00番棟の屋内マップ。 ECを払った後は一旦小屋を出ることで発掘が進む。 回数 必要EC 発掘進行 備考 1 100 1番上の通路まで 2 200 2段目の通路まで 3 300 1部屋目(ニックの部屋) クエストでE缶を販売するバーになる他のクエストの必要アイテムが冷蔵庫の中にある 4 400 2部屋目(カーリーの部屋) 5 500 3部屋目(ロイの部屋) [おねがいカード]所持時、[りんご]入手 6 ※クエスト 4部屋目(ロミオの部屋) 内装収集系クエストで少しずつ部屋が豪華に ※採石場にある伝説のツルハシを要求される 油田3 違法ハンター達のハンターベース(飛行艇)の最下層も掘り出せる。 必要ECの総額は、左の部屋を出すのに300EC、右の部屋で300ECで合計600。 出資単位は100ECか300ECで選択出来る。 出現する部屋には破壊可能なコンテナが置いてあり、回復アイテムやECが出る。 高確率で大(ライフは特大も)の方が出現する為、サブタンクを溜めるのに丁度良い。 「おねがいカード(7月)」などDS内部時計による限定アイテムもここでのみ低確率で出現する。 右の部屋を掘り出せるようになるのはクリア後。 ハイウェイ3 中ボス戦で壊された部分をECを払って修理することができる。 修理後はガレオン・ハンターとのレース対決ができるように。 (中ボスを速攻で倒した場合は修理せずに対決できる) ブースターを所持している場合、一度だけ使用可能。 一度使うと使えなくなるが、再び依頼をこなすことで使用可能になる。 勝つと賞金とアイテムがもらえる。NPCに!の吹き出しがあるのでクエスト扱い? 採石場1 モデルVの回収をクリアしたあとに再度訪れると真ん中あたりの部屋に男がいるので、 その男に200ECを支払うと採石場3へのショートカットを作ってくれる。 外部リンク http //japan.gamespot.com/ds/news/story/0,3800075348,20351513-2,00.htm グレイとアッシュの活動の拠点となるハンターギルド。 ここではミッションを受けるほかに、新しいアイテムや重要な情報を住人から集めることができる。 そして、プレイヤーは好みに応じて拠点エリアの拡大をすることができるのだ。 エリアを広げたあとにはアイテムが落ちていたり、 新たにヒトが引っ越してきてショップを開いたりと様々な変化が生じる。 エリアエクスパンションに必要なECと呼ばれる通貨は、 敵を倒すと入手可能。エリアを広げて拠点の機能を充実させよう。
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Fortran Fortran FFTプログラム以下簡単な使い方 Gnu fortran77 コンパイルオプション Fortranのデータ型 「'」「"」シングルクォーテーションとダブルクォーテーション Fortran90の2連コロンとは・・・? Option説明 Tips format文 エラーメモこれはmain.fにendを入れていなかったとき出たエラー・・・最低ですね ファイル名をcip.fじゃなくてcpi.fにしてmakeしてたときに出たエラー・・・ (^)病人の本質的な'COS'の参照--1つ以上の議論には、不正確なタイプがあります。 型の宣言がおかしい、i,jはinteger(整数型)・・・当然cos()の中はflot commonファイルにistepというのがあってIntegerだよ! f(i,j)とかのi,jが設定値を超えると出るエラーらしい Permissionつまり実行権限の問題!(chmod -777 で変えてやればいいときもあるが、なぜそのパーミッションになってしまっているかが問題) COMMON分メモ http //www.jp.freebsd.org/cgi/mroff.cgi?sect=1 cmd= lc=1 subdir=man dir=jpman-6.0.0%2Fman subdir=man man=f77 FFTプログラム k-spaceを見るときフーリエ変換を用いるが、普通にフーリエ変換をしていくと何日かかるかわからない。そこで使用するのがFFT(Fast Fourier Transform=高速フーリエ変換)である! 数値計算結果の解析を行う上で数多あるFFTの内1つぐらいはFFTライブラリを使用できるべきであろうと思う。 http //www.kurims.kyoto-u.ac.jp/~ooura/fftman/ 以下簡単な使い方 http //www20.atwiki.jp/mynote/pages/81.html Gnu fortran77 コンパイルオプション $g77 -O3 -ml -o acip.out -g -Wall acip.f O3 最適化オプション 「Option Level 3」の意味 ml Mathe libraryの使用(C言語やSin等の関数を仕様するとき必要かも) Wall -Wunused と -Wuninitialized オプションの結合(Wから始まるオプションを全てと言う意味) Fortranのデータ型 Integer型10桁 整数(4Byte)だから2^(4*8)で+ーある訳だから/2が最大値format文はI10で 2147483647(0を含む)~-2147483648 「 」「"」シングルクォーテーションとダブルクォーテーション print文などで文字列を扱う場合には、文字列をシングルクォーテーション( ) またはダブルクォーテーション( " )でくくります。シングルクォーテーションでくくるかダブルクォーテーションでくくるかでは多少意味が異なります。シングルクォーテーション( )でくくった場合は、そのままの文字として扱われます。 例) print そのまま\n出力します ;- [表示]そのまま\n出力します ダブルクォーテーション( " )でくくった場合は、メタ文字(\+アルファベットで制御コードなどを表す文字)や 変数等を挿入して扱う事ができるようになります。 例) print "メタ文字を\n出力します";- [表示]メタ文字を(ここに改行コードが入る)出力します 状況に応じて使い分けるしかないのですが、全角の表示でShiftJISを使用する場合に、 「ソ」や「表」といった文字は2バイト目が \ と同じコードとなり、文字が化ける場合が あるため、全角の表示はシングルクォーテーション( )でくくる方が無難です。 Fortran90の2連コロンとは・・・? 2連コロンを使った宣言方法あります。「integer c」と書きます。これまでに紹介した方法と、どこが違うのでしょうか。一つは、宣言に加えて初期値の設定ができるという点です。今までは初期値の設定は、宣言文で宣言した後、算術代入文やDATA文で値を入力する方法しかありませんでした。しかしこの宣言方法の場合、「integer a=4」というように、宣言の段階で値の入力ができるのです。これにより、書く量が少なくなり、aの扱われ方が非常に分かりやすくなります。C言語では宣言+入力は当たり前のことなのですが、Fortran77の段階ではこれは不可能でした。もう一つの利点は、宣言を複数重ねることができるのです。例えば、後の章で学ぶ「配列」の宣言文である「DIMENSION文」がありまして、今までは「integer g」の後に、「dimension g(20)」と書いていました。2連コロンの宣言方法を使うと、これと型宣言文を一つにまとめて、「integer,dimension(20) g」(宣言文同士の間にカンマが入ります)とすることができます。慣れるとこの宣言方法ばかり使用します。では、練習してみましょう。 Option説明 -O3 最適化を行います。最適化コンパイルは幾分長めの処理時間と、大きな関数に対する非常に多くのメモリを必要とします。これ以上の最適化オプションについては GCC ドキュメントを参照して下さい。特にループ展開は典型的な数値計算の Fortran プログラムにとっては調べる価値があるかも知れません。 -o file 出力先を file に指定します。 -g オペレーティングシステムのネイティブのフォーマット (DBX, SDB,DWARF) でデバッグ情報を生成します。GDB はこのデバッグ情報に基づいて動作することができます。 DBX フォーマットを使用するほとんどのシステムにおいては、`-g を指定すると、GDB だけが使用できる余分なデバッグ情報が使用可能になります。他の多くの Fortran コンパイラと異なり、GNU Fortran は `-g を `-O とともに使用することを許しています。最適化されたコードが通る近道は、時には驚くべき結果を生み出すかもしれません。定義したはずの変数が存在しなかったり、制御の流れが予想もしなかった場所に移動したり、結果が定数とわかる計算や、結果がすでに手元にある文は実行されなくなり、ある文がループの外に追い出されて別の場所で実行されたりします。それにも関わらず、このオプションは最適化された出力のデバッグを可能としています。これによって、バグを含むかもしれないプログラムに対してオプティマイザを使用することができるようになります。 -Wall たとえマクロとの組み合わせであっても、避けたほうがいいと我々が推奨する用法や、簡単に避けることができると我々が信じている用法に関する場合に警告します http //www-lab.imr.tohoku.ac.jp/~t-nissie/computer/c-tips/#section4 Fortran は write 文を 1 回実行する度に改行を行う。 (1) do i=1,n write(6,*) a(i) end do (2) write(6,*) (a(i),i=1,n) では異なる結果となります。(1) では一つの要素毎に改行するのに対して、(2) では全ての要素を空白で繋げて出力したのち改行します。 Tips http //docs.sun.com/source/806-4841/representations.html その四「Fortran WRITE文で改行させない方法」 FortranであるWRITE文で改行せず, その次のWRITE文で同じ行に書き続けたいときには書式 (FORMAT) の最後に$を付ける. こんなかんじ program suppress_new_line implicit none write(6, (a,$) ) abc write(6, (a) ) def write(6, (a) ) ghi end program suppress_new_line その五「Fortran 文字列をつなげる方法」 Fortranで二つの文字列をつなげるには//を使う. こんなかんじ implicit none character*1 a,b,c,d character*1 e character*2 f a = X b = Y c = U d = V write(6, (a) ) a // b e = (c // d) f = (c // d) write(6, (a) ) e write(6, (a) ) f end format文 format 文を使うと文番号を使う必要があります。以下のようにすると format 文を使わずに済ませることが出来ます。 write(6, (a,f8.5,a,i3.3) ) a = ,a, i = ,i format 文を使わないことにより、プログラムの cut paste のときに文番号の衝突を気にしなくて済みます。なお、上の例の i3.3 は 3 桁で出力し、それに満たない場合は 0 を補うと言う意味です。 エラーメモ 1 main.f In program `MAIN__ main.f 9 call init ^ End of source file before end of block started at (^) make *** [main.o] Error 1 utmcc000 ~/programs/zalesak02/zal_source SaitouDaisuke$ これはmain.fにendを入れていなかったとき出たエラー・・・最低ですね 2 make *** No rule to make target `cip.f , needed by `cip.o . Stop. ファイル名をcip.fじゃなくてcpi.fにしてmakeしてたときに出たエラー・・・ 3 Reference to intrinsic `EXP at (^) invalid -- one or more arguments have incorrect type init.f 26 f(i,j) = (1/sqrt(2.0*3.141))*EXP(-(j**2)/2)*(1+0.01*cos(i/2)) ^ Reference to intrinsic `COS at (^) invalid -- one or more arguments have incorrect type (^)病人の本質的な COS の参照--1つ以上の議論には、不正確なタイプがあります。 型の宣言がおかしい、i,jはinteger(整数型)・・・当然cos()の中はflot 4 g77 -c -O init.f init.f In subroutine `init parameter.h 1 warning common f(0 im,0 jm),fs(0 im,0 jm), fss(0 im,0 jm), ^ Padding of 4 bytes required before `dt in common block `_BLNK__ at (^) -- consider reordering members, largest-type-size first common /a/ f(0 im,0 jm),fs(0 im,0 jm), fss(0 im,0 jm), gx(0 im,0 jm), gsx(0 im,0 jm), gssx(0 im,0 jm), gv(0 im,0 jm), gsv(0 im,0 jm), gssv(0 im,0 jm), fn(0 im,0 jm), gnx(0 im,0 jm), gnv(0 im,0 jm), es(0 im), v(0 jm), x(0 im), istep, dt, dx, dy, sum commonファイルにistepというのがあってIntegerだよ! 5 h153 ~/programs/CV2_2DCIP/fortran se$ make make Circular main.f - main.f dependency dropped. make Circular input.f - input.f dependency dropped. make Circular output.f - output.f dependency dropped. make Circular acip2d.f - acip2d.f dependency dropped. make Circular poisson.f - poisson.f dependency dropped. g77 main.f input.f output.f acip2d.f poisson.f -o cv2 ./cv2 make *** [run_main] Segmentation fault f(i,j)とかのi,jが設定値を超えると出るエラーらしい 6 h153 ~/programs/CV2_2DCIP/fortran se$ make make Circular main.f - main.f dependency dropped. make Circular input.f - input.f dependency dropped. make Circular output.f - output.f dependency dropped. make Circular acip2d.f - acip2d.f dependency dropped. make Circular poisson.f - poisson.f dependency dropped. g77 main.f input.f output.f acip2d.f poisson.f -o cv2 ./cv2 make Permission to access file denied Permissionつまり実行権限の問題!(chmod -777 で変えてやればいいときもあるが、なぜそのパーミッションになってしまっているかが問題) ____ COMMON分メモ 便利なツールとして、次は「COMMON」文を紹介しましょう。ただ、余り使用は進められません。理由は、次章でお話しますが、COMMON文にはいろいろと問題が多いのです。これと同じ機能を持ち、かつ安全なモジュール(次章)がFortran90には用意されているので、あくまでFortran90 の人は、モジュールを使用するようにしてください。ここでのCOMMON文の紹介は、Fortran77人向けや一応の紹介だと受け止めてください。 COMMON文というのは、宣言した変数を、大域要素と使用、というものです。大域要素というのは、局所要素の反対で、どのプログラム単位においても有効な要素のことです。これまでは、主プログラムで宣言した変数と同じ名前の変数を副プログラムで使用していたとしても、それらは見かけ上同じでもまったく別の変数でしたね。主プログラムで「x」を使い、副プログラムでも「x」を使ったとしても、それらはx1とx2のように別の変数でした。このCOMMON 文を使用すると、それらが同じ「x」になるのです。同じ変数なので、型宣言をする必要がなくなります。変数全てに対して型宣言を再びしなくてもよくなるというのは、仮引数が多ければ多いほどありがたみを感じます。 使用方法は、まず主プログラムでCOMMON文を使用して、大域要素として変巣を定義します。「common /変数群の名前(領域名)/変数群」と書きます。領域名というのは、COMMON文を使用すると、「この領域にある変数が大域要素ですよ」ということを示す共通領域(ブロック)が作られます。その名前を、領域名のところに書きます。領域名は必須ではなく、書かなくても構いません。変数群を2種類以上に分け、それぞれに違った領域名をつける場合は、「common /p/a,b/q/c,d」のように、一つの領域名、変数群を書き、スラッシュを間に挟んで2つ目の領域名、、変数群を書いていきます。 br 2; COMMON文を使用すると、主プログラム・副プログラムの実・仮引数が不要となります。また、先ほども申し上げたとおり、型宣言をしなくてすむようになります(配列宣言は必要ですが)。副プログラムにおいて、使用する変数を、「common /領域名/使用する変数」のように定義します。これで、何が引数になるのかを示すわけですね。COMMON文を使用した例が、下の例文です。 program main common /p/a(5),xmax,xmin integer a,xmax,xmin print *, 最大値と最小値を求める。5個値を入力 read *,a(1 5) call sub print *, 最大値 ,xmax, 最小値 ,xmin end program subroutine sub common /p/a(5),xmax,xmin xmax=maxval(a,1) xmin=minval(a,1) end subroutine sub この例では、「a(5),xmax,xmin」を変数群、「p」を領域名とする共通ブロックを作成しました。領域名は省略可能です。これにより、 SUBROUTINEを使用する際の引数と、副プログラム内での型宣言が省略されています。ちなみに、COMMON文において配列宣言がなされているので、主プログラムでの型宣言時に「integer a(5)」という配列宣言は不要です。 しかし、COMMON文は使いづらい面があります。それは、副プログラム内で使用する際には、COMMON文を書くときに、変数の並び順を買えずにそのまま書かなければならない、ということです。この場合ですと、「common /p/a(5),xmax,xmin」というのを、「common /p/xmax,a(5),xmin」としてはいけない、ということです。COMMON文で変数を共通利用する際のその方法というのは、変数の名前ではなく、変数の並び順なのです。副プログラムに書かれたCOMMON文の変数の並び順に、主プログラムでのCOMMON文の並び順が適用されてしまうのです。ですから、副プログラムで「common /p/xmax,a(5),xmin」と書いてしまうと、「xmax」は主プログラムの「a(5)」に、「a(5)」は主プログラムの「xmax」になってしまうのです。名前でなく順番で変数を対応させているので、「common /p/y(5),c,i」でも可能です。この、並び順を正確に書かなければならないというのが、COMMON文の使いづらさです。 次は、「INTENT」と「OPTIONAL」です。共に仮引数に対して使います。INTENTから説明しましょう。INTENT文は、仮引数が主プログラムからの値や副プログラムで求めた値に対し、どう対応するのか、ということを決める文です。仮引数は、値に対する対応で3種類に分かれます。1つ目は、副プログラムでの計算をするために、主プログラムから必要な値を実引数から受け取ると言う、入力のみの引数です。2つ目は結果変数のことで、副プログラムで求めた値を、実引数に渡す、出力のみの引数です。3つ目は、今までは1回ぐらいしか出てこなかったと思いますが、入力も出力もこなす引数です(例えば、「a=a+2」のみが副プログラムでの計算であれば、、「a」は右辺で入力をし、左辺で計算結果を受け取って主プログラムに出力しています)。副プログラムで使用する仮引数が、この3つうちのどれなのかをコンピュータに対して明示的にするのが、INTENT文です。 使い方はいたって簡単です。副プログラムでの変数の型宣言のときに、「intent(属性)」を書けばいいだけです。先ほどの3つのうち、1つ目は属性が「in」、2つ目は「out」、3つ目は「inout」となります。例えば、整数型で入力のみの仮引数nの宣言文は、「integer,intent (in) n」と書きます。 この文は使用しなくても、副プログラムが3つのうちどれなのかを自動的に判断してくれますので、今までの仮引数の宣言の仕方は間違ってはいません。しかし、コンピュータといえども、先ほどのEXTERNALでの関数の間違いと同じように、仮引数の属性を間違ってしまうことがあります。自分では1番目の属性としてプログラムを組んでいるのに、コンピュータが3番目だと判断してしまい、おかしな実行結果になることがあることは考えられます。ですから、そうしたエラーを出さないようにするためには、INTENT文を使用してその属性をはっきりさせることが大事だということです。また属性を宣言することにより、プログラマ自身にとっても、その変数の役割をしっかりと認識することができます。 2つ目のOPTIONAL文は、対象の引数に省略可能を認める機能を持つ文です。副プログラムは実引数と仮引数の個数が一致するように書きますが、場合によっては省略できたほうが便利になることがあります。3つの引数を入力用として受け取る副プログラムがあるとしましょう。その副プログラムはこの3つを使って計算処理をするわけですが、2つに引数が減ったとしても、ほとんどの部分が3つの場合と同じ処理で可能だと分かりました。どうせほぼ同じ処理しかしないのであれば、わざわざ引数が2つ用の副プログラムをもう一個余分に作るよりも、3つ目の引数を省略可能な引数にして、引数が2つでも3つでも対応可能な副プログラムを作ったほうが簡単です。それを実現するのが、OPTIONAL文です。 引数を省略可能にするには、型宣言文にOPTIONAL文を追加します。例えば、「real,optional r」です。ただ、これだけでは不完全で、主プログラムにおいて、「INTERFACE」宣言をする必要があります。これは、INTERFACE文を使用して、「この副プログラムでは、この仮引数が使われていて、かつこの引数は省略可能なものとする」ということを宣言するのです。下の例をご覧ください。INTENTも一緒に使用しています。 program main implicit none interface real function f(x,y,z) real,intent(in),optional z real,intent(in) x,y end function f end interface integer n real x,y,z,kyori,f print *, 原点からある点までの距離を求める。ある点の次元数(2か3)を入力 read *,n if(n==2)then print *, 2次元で、ある点の座標を入力 read *,x,y kyori=f(x,y) print *,kyori else print *, 3次元で、ある点の座標を入力 read *,x,y,z kyori=f(x,y,z) print *,kyori endif end program real function f(x,y,z) real,optional z real x,y f=x**2+y**2 if(present(z))f=f+z**2 f=sqrt(f) end function f INTERFACE宣言は、PROGRAM文やFUNCTION文のように、END分が付いて、ここで宣言を閉じます。INTERFACE宣言の中には、副プログラムの先頭と、変数の宣言文をそっくりそのまま書きます。書いたらEND文で副プログラムを閉じるのを忘れないようにしてください。これにより、「z」は省略可能な引数になります。ですから、副プログラムを呼ぶときに、実引数が「x」と「y」だけでも、また「z」を含めても、同じ副プログラムで対応することができます。 副プログラム中にある「PRESENT」文は、省略可能な引数が今現在副プログラム中に存在しているかどうかを問い合わせる組み込み関数です。存在していれば真を返します。このプログラムの場合、「z」を引数として渡していれば、「f=f+z**2」、つまり「f=x**2+y**2+z**2」が行なわれることになります。 h153 ~/programs/CV2_2DCIP/fortran saitoudaisuke$ make make Circular main.f - main.f dependency dropped. make Circular input.f - input.f dependency dropped. make Circular output.f - output.f dependency dropped. make Circular acip2d.f - acip2d.f dependency dropped. make Circular poisson.f - poisson.f dependency dropped. g77 main.f input.f output.f acip2d.f poisson.f -o cv2 /usr/bin/ld Undefined symbols _MAIN__ collect2 ld returned 1 exit status make *** [cv2] Error 1 h153 ~/programs/CV2_2DCIP/fortran saitoudaisuke$ 判らんエラーだ???2010-02-03
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SCore http //www.pccluster.org/ 操作Log(SCore on Mac) yamadhcp204207 /opt SaitouDaisuke$ sudo mkdir score.work Password yamadhcp204207 /opt SaitouDaisuke$ ls cisco-vpnclient score.work yamadhcp204207 /opt SaitouDaisuke$ yamadhcp204207 /opt/score.work SaitouDaisuke$ sudo mv /Users/SaitouDaisuke/Desktop/score6* /opt/score.work yamadhcp204207 /opt/score.work SaitouDaisuke$ ls score6-demo.tar.gz score6-mpi.tar.gz score6-test.tar.gz score6-example.tar.gz score6-omni.tar.gz score6.tar.gz yamadhcp204207 /opt/score.work SaitouDaisuke$ yamadhcp204207 /opt/score.work SaitouDaisuke$ sudo mkdir -p /opt/score/ yamadhcp204207 /opt/score.work SaitouDaisuke$ sudo cd /opt/score yamadhcp204207 /opt/score.work SaitouDaisuke$ for tarfile in /opt/score.work/*.tar.gz $ do yamadhcp204207 /opt/score SaitouDaisuke$ for tarfile in /opt/score.work/*.tar.gz $ do $>tar xzf $tarfile $>done ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~continue~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ tar ./score6-src/adm/config/development Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/config/pccc.x86_64-centos44-linux2_6 Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/config/pccc.i386-centos42-linux2_6 Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/config/pccc.i386-redhat7-linux2_4 Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/config/pccc.i386-fedoracore5-linux2_6 Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/release Cannot mkdir No such file or directory tar ./score6-src/adm/release/make_tree Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/release/score6.filelist Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/release/listgroups Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages Cannot mkdir No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/smake Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/omni Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/demo Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/doc Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/utils Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/etc Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/tools Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/test Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/example Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/mpi Cannot open No such file or directory tar ./score6-src/adm/packages/score Cannot open No such file or directory tar Error exit delayed from previous errors yamadhcp204207 /opt/score SaitouDaisuke$ tar Error exit delayed from previous errors yamadhcp204207 /opt/score SaitouDaisuke$ su Password yamadhcp204207 /opt/score root# for tarfile in /opt/score.work/*.tar.gz do tar xzf $tarfile done yamadhcp204207 /opt/score root# ls score6-src yamadhcp204207 /opt/score root# cd score6-src yamadhcp204207 /opt/score/score6-src root# ./configure source directory = /opt/score/score6-src install directory = /opt/score/6.0.0 SCore directory = /opt/score/ (No uname command or uname output not recognized.) i386 Darwin 8.8.1 Darwin Kernel Version 8.8.1 Mon Sep 25 19 42 00 PDT 2006; root xnu-792.13.8.obj~1/RELEASE_I386 (Unable to guess system type) (No uname command or uname output not recognized.) i386 Darwin 8.8.1 Darwin Kernel Version 8.8.1 Mon Sep 25 19 42 00 PDT 2006; root xnu-792.13.8.obj~1/RELEASE_I386 (Unable to guess system type) expr brackets ([ ]) not balanced old_pwd=/opt/score/score6-src/build cd bin PWD=/opt/score/score6-src/build/bin make BUILD=/opt/score/score6-src//build host_nickname=default DIST= sed -e s,@RWC_BUILD@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_SHLIBDIR@,/opt/score/score6-src//pm2/shared/,g \ -e s,@PCCC_BUILD@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_ROOT@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_INSTALL_ROOT@,/opt/score/6.0.0,g \ -e s,@PCCC_SCORE_HOME@,/opt/score/,g \ -e s,@PCCC_MODULE_DIR@,obj.default@`uname -r`,g \ -e s,@PCCC_OBJDIR@,obj.default,g \ -e s,@PCCC_NICKNAME@,default,g \ -e s,@PCCC_MKDIRHIRE@,/opt/score/score6-src//build/deploy/mkdirhier,g \ -e s,@RWC_ROOT@,/opt/score/score6-src//build,g smake.sh smake chmod +x smake sed -e s,@RWC_BUILD@,/opt/score/6.0.0/lib/build, \ -e s,@PCCC_SHLIBDIR@,/opt/score/6.0.0/deploy/, \ -e s,@PCCC_BUILD@,/opt/score/6.0.0/lib/build, \ -e s,@PCCC_SCORE_HOME@,/opt/score/,g \ -e s,@PCCC_ROOT@,/opt/score/6.0.0, \ -e s,@PCCC_INSTALL_ROOT@,/opt/score/6.0.0, \ -e s,@PCCC_NICKNAME@,default,g \ -e s,@PCCC_MKDIRHIRE@,/opt/score/6.0.0/deploy/mkdirhier,g \ -e s,@RWC_ROOT@,/opt/score/6.0.0, smake.sh smake.install chmod +x smake.install sed -e s,@RWC_BUILD@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_SHLIBDIR@,/opt/score/score6-src//pm2/shared/,g \ -e s,@PCCC_BUILD@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_ROOT@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_INSTALL_ROOT@,/opt/score/6.0.0,g \ -e s,@PCCC_SCORE_HOME@,/opt/score/,g \ -e s,@PCCC_MODULE_DIR@,obj.default@`uname -r`,g \ -e s,@PCCC_OBJDIR@,obj.default,g \ -e s,@PCCC_NICKNAME@,default,g \ -e s,@PCCC_MKDIRHIRE@,/opt/score/score6-src//build/deploy/mkdirhier,g \ -e s,@RWC_ROOT@,/opt/score/score6-src//build,g mkwrapper.sh mkwrapper chmod +x mkwrapper sed -e s,@RWC_BUILD@,/opt/score/6.0.0/lib/build, \ -e s,@PCCC_SHLIBDIR@,/opt/score/6.0.0/deploy/, \ -e s,@PCCC_BUILD@,/opt/score/6.0.0/lib/build, \ -e s,@PCCC_SCORE_HOME@,/opt/score/,g \ -e s,@PCCC_ROOT@,/opt/score/6.0.0, \ -e s,@PCCC_INSTALL_ROOT@,/opt/score/6.0.0, \ -e s,@PCCC_NICKNAME@,default,g \ -e s,@PCCC_MKDIRHIRE@,/opt/score/6.0.0/deploy/mkdirhier,g \ -e s,@RWC_ROOT@,/opt/score/6.0.0, mkwrapper.sh mkwrapper.install chmod +x mkwrapper.install sed -e s,@RWC_BUILD@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_SHLIBDIR@,/opt/score/score6-src//pm2/shared/,g \ -e s,@PCCC_BUILD@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_ROOT@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_INSTALL_ROOT@,/opt/score/6.0.0,g \ -e s,@PCCC_SCORE_HOME@,/opt/score/,g \ -e s,@PCCC_MODULE_DIR@,obj.default@`uname -r`,g \ -e s,@PCCC_OBJDIR@,obj.default,g \ -e s,@PCCC_NICKNAME@,default,g \ -e s,@PCCC_MKDIRHIRE@,/opt/score/score6-src//build/deploy/mkdirhier,g \ -e s,@RWC_ROOT@,/opt/score/score6-src//build,g setup_score_home.sh setup_score_home chmod +x setup_score_home sed -e s,@RWC_BUILD@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_SHLIBDIR@,/opt/score/score6-src//pm2/shared/,g \ -e s,@PCCC_BUILD@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_ROOT@,/opt/score/score6-src//build,g \ -e s,@PCCC_INSTALL_ROOT@,/opt/score/6.0.0,g \ -e s,@PCCC_SCORE_HOME@,/opt/score/,g \ -e s,@PCCC_MODULE_DIR@,obj.default@`uname -r`,g \ -e s,@PCCC_OBJDIR@,obj.default,g \ -e s,@PCCC_NICKNAME@,default,g \ -e s,@PCCC_MKDIRHIRE@,/opt/score/score6-src//build/deploy/mkdirhier,g \ -e s,@RWC_ROOT@,/opt/score/score6-src//build,g make_module_dep.sh make_module_dep chmod +x make_module_dep sed -e s,@RWC_BUILD@,/opt/score/6.0.0/lib/build, \ -e s,@PCCC_SHLIBDIR@,/opt/score/6.0.0/deploy/, \ -e s,@PCCC_BUILD@,/opt/score/6.0.0/lib/build, \ -e s,@PCCC_SCORE_HOME@,/opt/score/,g \ -e s,@PCCC_ROOT@,/opt/score/6.0.0, \ -e s,@PCCC_INSTALL_ROOT@,/opt/score/6.0.0, \ -e s,@PCCC_NICKNAME@,default,g \ -e s,@PCCC_MKDIRHIRE@,/opt/score/6.0.0/deploy/mkdirhier,g \ -e s,@RWC_ROOT@,/opt/score/6.0.0, setup_score_home.sh setup_score_home.install chmod +x setup_score_home.install old_pwd=/opt/score/score6-src/build cd libexec PWD=/opt/score/score6-src/build/libexec make BUILD=/opt/score/score6-src//build host_nickname=default DIST= make[1] Nothing to be done for `initialize . old_pwd=/opt/score/score6-src/build cd deploy PWD=/opt/score/score6-src/build/deploy make BUILD=/opt/score/score6-src//build host_nickname=default DIST= make[1] Nothing to be done for `initialize . yamadhcp204207 /opt/score/score6-src root# make ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~continue~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ./build/bin/make_module_dep line 7 /opt/score/6.0.0/install/unknown/sortmod No such file or directory make *** [all] Error 127 yamadhcp204207 /opt/score/score6-src root# /opt/score/intall/setup -score_server su /opt/score/intall/setup No such file or directory yamadhcp204207 /opt/score/score6-src root# ls Makefile example.spec Makefile.in mpi README mpi.spec SCore omni adm omni.spec build out.yamadhcp204207.ed.yama.tus.ac.jp configure rvsm demo sccfg demo.spec score6.spec doc test etc test.spec example tools yamadhcp204207 /opt/score/score6-src root# cd .. yamadhcp204207 /opt/score root# ls 6.0.0 demo etc lib score6-src bin deploy example libexec share cgi-bin doc install sbin test yamadhcp204207 /opt/score root#
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Vlasov-Poisson codeのLog(変更、付けたし)です 2007.12.10.18 00 makefileをgnuplotのスクリプトをVlasov-Poissonコードと別に実行するのではなく、 main(Vlasov-Poissonコードの)で実行することでscript.fの中で変数が使えるようにした
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Vlasov方程式(ブラソフ方程式) Vlasov Equationが詳しく載ってる#http //www-linux.gsi.de/~boine/vorlesung/skript/html/node25.html Vlasovリンク集 1.Cheng, C.Z. Knorr,G., 1976, J.Comput.Phys.,22,330 http //www.osti.gov/energycitations/product.biblio.jsp?osti_id=5367170 2.Nakamura,T. Yabe,T., 1999, Comput.Phys.Comm., 120, 122 3.http //www-cms.phys.s.u-tokyo.ac.jp/~naoki/CIPINTRO/SYMP/ 4.Filbet,F.Sonnendrucker, E. Berirand, P.,2001, J.Comput.Phys.,172,166 5.Mageney,A. et al., 2002,J.Comput.Phys.,179,495 Boltzmann方程式の衝突項を無くしたものがVlasov方程式? 我々がいつも見ているMHD等の粒子的理論は、多数の粒子のパラメーター(速度、温度等)を平均化して見ている。 実際には速度空間の分布が局所的に高くなっているところも有るはずなのに、 v として平均化して使っているのはおかしいんじゃない?という理論に下ずく? http //solar.nro.nao.ac.jp/meeting/cmhd00/shibata/sld001.htm いいページ見つけた後て読め http //arkham.exblog.jp/3609549 http //wkp.fresheye.com/wikipedia/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%BA%E3%83%9E%E7%89%A9%E7%90%86%E5%AD%A6 プラズマ(plasma)は電離した「気体」である。 つまり、通常の気体を構成する中性分子が電離し、正の電荷をもつイオンと負の電荷をもつ電子とに別れて自由に飛び回っている、電気的にほぼ中性な物質である。 しかし、構成粒子が電荷をもつため、粒子運動がそれ自身のつくり出す電磁場と密接に絡み合い、電気的に中性な分子からなる通常の気体とは大きく異なった性質をもつ。 そこでプラズマは物質の三態、すなわち固体、液体、気体とは異なった、物質の第四態といわれる。 プラズマは身近にも色々存在し、実験室内でも古くから真空放電の研究に伴って観察されていた。 しかし、そこにある電離した気体自体を対象とした研究は 1920年代のアーヴィング・ラングミュアに始まり、そこでシースやプラズマ振動の存在など、プラズマの基本的性質が次々と明らかにされた。 そしてラングミュアは、1928年にこの物質状態にプラズマという名前を与えた。 そしてさらに1950年代以降、エネルギー源としての熱核融合研究や宇宙空間でのプラズマの役割探求、さらには広く応用を進める上での基礎学問として、その研究が大いに進展した。 プラズマの特徴はまず、中に多数の自由電子があるため電流が極めて流れやすく、電流が流れればその一帯に電磁場を生じ、それがまたプラズマ自身の行動に大きく影響することである。 こうしてプラズマ中では粒子は集団行動をとりやすく、全体が極めて有機的に行動する。 また外部から電磁場を掛ければそれに強く反応する。 こうした有機的行動の一つの現れとして、プラズマ中には通常の気体中には存在しない、電場を復元力とする縦波、プラズマ振動が存在する。 また、医学分野では血漿(Blood plasma)のことを、生物学では原形質(protoplasm)をプラズマと呼んでいる。 歴史 200万年前、人類の祖先であるヒト属(原人)、ホモ・ハビリスにより火(後述、プラズマの一種)が使われ始める。(右図 : プラズマライト) 真空中の放電現象は18世紀に目を付けられたが、その後しばらく忘れられていた。しかし 1835年頃、マイケル・ファラデーが再び真空放電に注目し、それを安定に実現した放電管内の現象を詳しく観察して、グロー、陽光柱などとともにこんにちファラデー暗部と呼ばれる構造を見いだした。真空放電の研究はその後、ウィリアム・クルックスなどによって大きく発展し、電子の発見への寄与を始めとして、現代物理学の成立に大きく貢献した。 しかし、放電によって生成されたプラズマ自体の研究は1920年代のアーヴィング・ラングミュアに始まる。ラングミュアは1922年から約10年間、精力的に気体中の放電現象を研究し、その間に、ラングミュア探針を開発してプラズマの基本量(密度、温度)の測定手段を確立し、プラズマ振動を発見してその機構を解明する、などの大きな成果をあげて、こんにち言うところのプラズマ物理学を創始した。そして、1928年には放電によって発生した電離した気体に初めてプラズマという名前を与えた。 プラズマ物理学の進展にとって、1945年のブラソフ方程式(Vlasov equation)の確立が重要である。ブラソフはこの年、プラズマ振動などの現象では、個々の荷電粒子間の衝突は無視出来ることを論証し、衝突項を0と置いたボルツマン方程式と電磁場のマクスウェル方程式とを組み合わせた方程式系でプラズマ振動を論じた。この方程式系はこんにちブラソフ方程式と呼ばれ、プラズマの特性にもっとも適合した方程式として広く用いられている。 ついで1946年にレフ・ランダウはブラソフの扱いを改良して、ブラソフ方程式をラプラス変換を用いて解く手法を編み出し、その結果、プラズマ振動にはこんにちランダウ減衰と呼ばれる現象があることを示した。このランダウの手法はこんにちのプラズマ理論のもっとも基本的手法として定着している。 プラズマの研究は1950年代から大きく加速した。その原動力はエネルギー源としての熱核融合の研究と宇宙空間物理学の進展である。熱核融合研究は 1950年代の初めに始まり、世界的協力のもとで行われてきたが、最近になって熱核融合に必要な条件(温度1億度、粒子密度1020 / m3-)を満たす核融合プラズマが生成されて科学的実証が達成された。そして、次の段階のシステムとしての核融合炉が実現可能であることを示す工学的実証を目的として、2005年、国際熱核融合実験炉(ITER)をフランスに建設することが決まった。 一方、宇宙空間物理学においては、ロケットや人工衛星による探査の進展とともに地球外の空間ではプラズマが極めて重要な役割を演じていることが解ってきて、プラズマのマクロな行動を記述する磁気流体力学が発達し、地球磁気圏の構造の解明などの大きな成果をあげた。 1970年に宇宙空間プラズマの研究者であるハンス・アルヴェーンが「磁気流体力学の基礎研究、プラズマ物理学への応用」によってノーベル物理学賞を受賞した。 そのほかプラズマは、プラズマ・ディスプレイを始めとする数多くの応用によって、日常生活にも密接にかかわってきている。 身近なプラズマ 一般に気体中で放電することによって生成される。 身近なプラズマの例としては、点灯している蛍光灯の内部も水銀ガスがプラズマになったものである。このことはグロー放電を起こしてそれからクルックス管である蛍光灯内のアルゴンやキセノン等に経路状に電流が流れ発光する事と同じである。なお、このグロー放電は放電プラズマの一種である。 また、我々の生活に必要不可欠な火(燃焼炎)もプラズマの一種である。他に強力な磁界をもつ高圧鉄塔の電線の周りには同心円状にプラズマが発生する。また、地下水脈で水が勢いよく岩盤にぶつかることでその空洞内に発生すると言われている。 電離層、オーロラ、太陽・恒星の内部、太陽風、星間物質、科学博物館によく展示されているプラズマボールなどもその例。 プラズマの種類と産業への応用 プラズマには高温プラズマ(プラズマを構成する粒子すべての温度が高い状態、熱プラズマ)と、低温プラズマ(電子温度のみが高い)があり、金属の内部や蛍光灯の内部は低温プラズマと見なされる。高温な熱プラズマは1~数万ケルビンにもなり、地球上のあらゆる物質を溶かしてしまうため、高融点の材料の開発が求められている。なお、種々のプラズマにより、核融合、プラズマディスプレイ、溶接、プラズマロケット、カーボンナノチューブをはじめとする立体構造を持つ様々な機能・特性を備えたハイテク新素材の生成技術など、その応用分野は広い。(右図 : レインボー プラズマ ボール 実験装置) プラズマボールが放電によって電界と磁界を生み出す性質や、発生している電磁波を視覚的に捉えやすいことなどもあって、次世代型の健康的な電化生活環境を構築するための基礎研究用の実験装置として用いられている例もある。 半導体内での電子と正孔や、金属内の電子の振る舞いはプラズマと酷似しているため、固体プラズマと呼ばれる。 ダストプラズマ 強結合プラズマ物理の一領域に見られるダストプラズマは、プラズマ中に微粒子が混在した状態を指す。条件が整うとクーロン結晶と呼ばれる規則的な構造を持つ微粒子集団などが、自己組織化されていく。生物の分子組織化を手本として、散逸構造形成を利用することで、ナノメーターからサブミリメーターにいたるメゾスコピック領域におけるパターン化された高分子集合体の階層的な自己組織化を行い、エネルギーサイクルを有するマイクロメーターサイズの上位構造物へと成長させることによって、プラズマ中に光制御型の量子演算素子群を自律生成させながら逐次電路を書き換えていく、自発的秩序形成(自己組織化)機能を有する情報処理システムが構築可能となる。 現時点では、閉ざされた放電管内に微粒子のダストを散布して、たとえば静電複写機が文字や図形を描くような感じで、散逸構造を有する逐次書き換え可能な小規模の立体的電路を生成できるレベルに過ぎないが、将来的には、プラズマで出来ている恒星やプラズマで満たされた広大な宇宙空間そのものを、巨大な量子コンピュータに作り替える壮大な構想も描かれている。最終的には、イリヤ・プリゴジンやエリッヒ・ヤンツらによって示唆された、自己組織化する宇宙全体を人類がその手で制御する究極のテクノロジーに到達すると目される、プラズマ宇宙論とも関わりを持つ最重要の研究領域である。 実験装置で作り出される特殊なプラズマ 一般には電気的中性を保つとされるプラズマだが、超伝導ソレノイドコイルで作り出した磁場内に、リング状の電極を配置したトラップ装置を使えば、磁界と電界の力を重ね合わせて、非中性状態のプラズマを何もない空中で捕獲することが出来る。このようなトラップ内に電子ビームを照射すると、電子のみで構成された電子プラズマを一定空間内に閉じ込めて高密度に蓄積することも可能になる。 このようにして集めた電子プラズマを減速材として用いて、陽電子を捕獲して蓄積することで、反物質プラズマを大量に生成して実験に用いる道が開けてくる。 プラズマの語源 英語のplasmaは母体,基盤,そして鋳型(mold)といった意味のギリシア語をもとにしている。放電現象が放電管の中で隅々まで広がる様子を見てラングミュアが命名したといわれている。元のギリシア語は宗教用語としても使われ、神に創造されたものといった意味で使われていたことから、神秘的なもの、霊的なものとも結び付けられ、エクトプラズム(ect plasm)といった用語もある。 オカルトとの関連性 オカルトへの解釈として高温プラズマが目撃されると火の玉と見られることや、プラズマから発せられる高磁場の脳波への影響により幻覚症状を引き起こす可能性があることから、UFOや霊、ミステリーサークルなど、あらゆる超常現象の原因であるとする説が、早稲田大学の大槻義彦教授をはじめとする著名人により唱えられている。
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[cfd@utmcc010 hime]$ mpicc -o LAMM112 himenobmtxps.c [cfd@utmcc010 hime]$ mpicc -O -o LAMM112O himenobmtxps.c [cfd@utmcc010 hime]$ mpicc -O1 -o LAMM112O1 himenobmtxps.c [cfd@utmcc010 hime]$ mpicc -O2 -o LAMM112O2 himenobmtxps.c [cfd@utmcc010 hime]$ mpicc -O3 -o LAMM112O3 himenobmtxps.c [cfd@utmcc010 hime]$ ls LAMM112 LAMM112O3 M111O2 M112O2 M122O1 himeno-np2.txt himenobmtxps.o LAMM112O M111 M111O3 M112O3 M122O2 himeno-np2.txt~ makefile.sample LAMM112O1 M111O M112 M112O3] M122O3 himeno2.o param.h LAMM112O2 M111O1 M112O1 M122 cc_himenoBMTxp_mpi.lzh himenobmtxps.c paramset.sh [cfd@utmcc010 hime]$ date 2007年 1月 4日 木曜日 21 28 17 JST [cfd@utmcc010 hime]$ 姫野ベンチ流れました!原因はmpichでコンパイルしたためlam-mpiのmpirunでは流れなかった(気づけよ俺) [cfd@utmcc010 hime]$ ./paramset.sh M 1 2 2 [cfd@utmcc010 hime]$ mpicc -o himeno2.o himenobmtxps.c [cfd@utmcc010 hime]$ ls M111 M112 M122 himeno-np2.txt makefile.sample M111O M112O1 M122O1 himeno-np2.txt~ param.h M111O1 M112O2 M122O2 himeno2.o paramset.sh M111O2 M112O3 M122O3 himenobmtxps.c M111O3 M112O3] cc_himenoBMTxp_mpi.lzh himenobmtxps.o [cfd@utmcc010 hime]$ mpirun -np 4 himeno2.o Sequential version array size mimax = 129 mjmax = 129 mkmax = 257 Parallel version array size mimax = 129 mjmax = 67 mkmax = 131 imax = 128 jmax = 65 kmax =129 I-decomp = 1 J-decomp = 2 K-decomp =2 Start rehearsal measurement process. Measure the performance in 3 times. MFLOPS 1073.739694 time(s) 0.383068 1.702009e-03 Now, start the actual measurement process. The loop will be excuted in 469 times This will take about one minute. Wait for a while cpu 60.063891 sec. Loop executed for 469 times Gosa 1.013058e-03 MFLOPS measured 1070.565156 Score based on Pentium III 600MHz 12.923288 [cfd@utmcc010 hime]$ [cfd@utmcc010 hime]$ date 2007年 1月 4日 木曜日 21 09 21 JST [cfd@utmcc010 hime]$ 姫野ベンチを走らせたんだが・・・どうも弾かれてます [cfd@utmcc010 hime]$ ls M111 M111O3 M112O3 M122O2 himeno-np2.txt~ param.h M111O M112 M112O3] M122O3 himenobmtxps.c paramset.sh M111O1 M112O1 M122 cc_himenoBMTxp_mpi.lzh himenobmtxps.o M111O2 M112O2 M122O1 himeno-np2.txt makefile.sample [cfd@utmcc010 hime]$ mpirun -np 4 M122O2 Invalid number of PE Please check partitioning pattern or number of PE It seems that [at least] one of the processes that was started with mpirun did not invoke MPI_INIT before quitting (it is possible that more than one process did not invoke MPI_INIT -- mpirun was only notified of the first one, which was on node n0). mpirun can *only* be used with MPI programs (i.e., programs that invoke MPI_INIT and MPI_FINALIZE). You can use the "lamexec" program to run non-MPI programs over the lambooted nodes. p0_31624 p4_error interrupt SIGx 15 p0_26127 p4_error interrupt SIGx 15 [cfd@utmcc010 hime]$ date 2007年 1月 4日 木曜日 20 19 10 JST [cfd@utmcc010 hime]$ 行けてるっぽいがいちいちutmcc011のpassword聞いてくるのがめんどい(rshはhostsファイルいじればよかったけどsshは?) [cfd@utmcc010 advanced]$ lamboot -v lamhosts LAM 7.0.6/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana University n-1 31257 ssi boot base linear booting n0 (utmcc010) n-1 31257 ssi boot base linear booting n1 (utmcc011) cfd@utmcc011 s password cfd@utmcc011 s password n-1 31257 ssi boot base linear finished [cfd@utmcc010 advanced]$ date 2007年 1月 4日 木曜日 17 23 55 JST [cfd@utmcc010 advanced]$ ?行けた?? Woo hoo is a common expression of joy, especially as arising from success or good fortune. by Wiki 「Woo hoo」ってのは一般的な喜びを表現する言葉だよ、特に成功や幸運からの喜びの時発せられるもの。 [cfd@utmcc010 advanced]$ recon -v lamhosts n-1 31237 ssi boot base linear booting n0 (utmcc010) n-1 31237 ssi boot base linear booting n1 (utmcc011) cfd@utmcc011 s password cfd@utmcc011 s password n-1 31237 ssi boot base linear finished Woo hoo! recon has completed successfully. This means that you will most likely be able to boot LAM successfully with the "lamboot" command (but this is not a guarantee). See the lamboot(1) manual page for more information on the lamboot command. If you have problems booting LAM (with lamboot) even though recon worked successfully, enable the "-d" option to lamboot to examine each step of lamboot and see what fails. Most situations where recon succeeds and lamboot fails have to do with the hboot(1) command (that lamboot invokes on each host in the hostfile). [cfd@utmcc010 advanced]$ date 2007年 1月 4日 木曜日 17 14 43 JST rshもsshも通るやんorz [cfd@utmcc010 advanced]$ rsh utmcc011 date 2007年 1月 4日 木曜日 17 09 48 JST [cfd@utmcc010 advanced]$ rsh utmcc011 who root 0 Dec 29 22 45 root pts/1 Dec 30 00 01 ( 0.0) root pts/2 Jan 1 20 26 ( 0.0) root pts/3 Jan 1 21 15 ( 0.0) root pts/4 Jan 1 21 32 ( 0.0) [cfd@utmcc010 advanced]$ rsh utmcc011 ls Desktop utmcc010 utmcc011 [cfd@utmcc010 advanced]$ ssh utmcc011 date cfd@utmcc011 s password 2007年 1月 4日 木曜日 17 10 17 JST [cfd@utmcc010 advanced]$ 2007/01/04/17 12 LAM-MPIのログです・・・rsh(ssh)が拒否される? MPICHはうまくいってるのにorz LAM tried to use the remote agent command "/usr/bin/ssh" to invoke "echo $SHELL" on the remote node. This usually indicates an authentication problem with the remote agent, or some other configuration type of error in your .cshrc or .profile file. The following is a list of items that you may wish to check on the remote node 「/usr/bin/ssh」という命令が引き合いに出す遠隔エージェントを使用するために審理されるLAMは、 リモートなノードで「$SHELLを繰り返します」。 これは通常遠隔エージェントに関する認証問題を示します、 あるいは、あなたの.cshrcにおけるエラーの若干の他の構成種または.profileは綴じ込みます。 以下は、あなたがリモートなノードをチェックすることを望むかもしれないアイテムのリストです: [cfd@utmcc010 advanced]$ recon -v lamhosts n-1 31160 ssi boot base linear booting n0 (utmcc010) n-1 31160 ssi boot base linear booting n1 (utmcc011) cfd@utmcc011 s password ERROR LAM/MPI unexpectedly received the following on stderr Connection closed by 202.13.13.17 LAM failed to execute a process on the remote node "utmcc011". LAM was not trying to invoke any LAM-specific commands yet -- we were simply trying to determine what shell was being used on the remote host. LAM tried to use the remote agent command "/usr/bin/ssh" to invoke "echo $SHELL" on the remote node. This usually indicates an authentication problem with the remote agent, or some other configuration type of error in your .cshrc or .profile file. The following is a list of items that you may wish to check on the remote node - You have an account and can login to the remote machine - Incorrect permissions on your home directory (should probably be 0755) - Incorrect permissions on your $HOME/.rhosts file (if you are using rsh -- they should probably be 0644) - You have an entry in the remote $HOME/.rhosts file (if you are using rsh) for the machine and username that you are running from - Your .cshrc/.profile must not print anything out to the standard error - Your .cshrc/.profile should set a correct TERM type - Your .cshrc/.profile should set the SHELL environment variable to your default shell Try invoking the following command at the unix command line /usr/bin/ssh -x -a utmcc011 -n echo $SHELL You will need to configure your local setup such that you will *not* be prompted for a password to invoke this command on the remote node. No output should be printed from the remote node before the output of the command is displayed. When you can get this command to execute successfully by hand, LAM will probably be able to function properly. n-1 31160 ssi boot base linear Failed to boot n1 (utmcc011) n-1 31160 ssi boot base linear aborted! recon was not able to complete successfully. There can be any number of problems that did not allow recon to work properly. You should use the "-d" option to recon to get more information about each step that recon attempts. Any error message above may present a more detailed description of the actual problem. Here is general a list of prerequisites that *must* be fulfilled before recon can work - Each machine in the hostfile must be reachable and operational. - You must have an account on each machine. - You must be able to rsh(1) to the machine (permissions are typically set in the user s $HOME/.rhosts file). *** Sidenote If you compiled LAM to use a remote shell program other than rsh (with the --with-rsh option to ./configure; e.g., ssh), or if you set the LAMRSH environment variable to an alternate remote shell program, you need to ensure that you can execute programs on remote nodes with no password. For example unix% ssh -x pinky uptime 3 09am up 211 day(s), 23 49, 2 users, load average 0.01, 0.08, 0.10 - The LAM executables must be locatable on each machine, using the shell s search path and possibly the LAMHOME environment variable. - The shell s start-up script must not print anything on standard error. You can take advantage of the fact that rsh(1) will start the shell non-interactively. The start-up script (such as .profile or .cshrc) can exit early in this case, before executing many commands relevant only to interactive sessions and likely to generate output.
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支配方程式を時間&空間において離散化 Fortran or Cで計算データを吐かせる 1&2次元 gnuplot ImageMagickでconvert -loop 2 *.png anime.gif mencoder "mf //*.jpg" -mf fps=5 -o cube-anim-2.avi -ovc lavc -lavcopts vcodec=mjpeg 3次元 povray +W640 +H480 0001.pov mpirun -np 5 povray +W640 +H480 0001.pov ちょっと面白かった 諸君 私は流体が好きだ 諸君 私は流体が好きだ 諸君 私は流体力学シミュレーションが大好きだ 完全流体が好きだ 粘性流体が好きだ 圧縮性流体が好きだ 非圧縮性流体が好きだ 熱流体が好きだ 電磁流体が好きだ 自由液面流体が好きだ 超臨界流体が好きだ 混相流体が好きだ 非ニュートン流体が好きだ 地球惑星流体が好きだ 宇宙プラズマ流体が好きだ FTCS法で クランク・ニコルソン法で ルンゲ・クッタ法で ラックス・ベンドルフ法で CIP-MOCCT法で IDO法で 擬スペクトル法で SPH法で MPS法で 河村・桑原スキームで VOF法で レベルセット法で MAC法で SMAC法で GSMAC法で FEMで FVMで 様々なスキームで行われる ありとあらゆる流体解析が大好きだ 支配方程式や境界条件をそろえた複数の流体スキームの一斉ベンチマーク・テストが お互いにてんでんバラバラなシミュレーション結果をはき出すのが好きだ 複雑形状流路が自動格子生成ツールによって 精緻なステンドグラスのような 非構造格子のモザイクになった時など 心がおどる セミラグランジュ法でクーラン数が1を突破するのが好きだ 流体計算で 冷却ファンが唸りを上げて回りまくる EWS筐体のエアダクトから吹き出てきた熱風を 積ん読状態の流体力学書の山が遮って熱暴走を召喚した時など 胸が詰まるような気持ちだった 流体温度がオーバーシュートして モデル領域の思わぬ所で気液相変化が生じるのが好きだ プログラミングを習いたての新人が スタガード格子の ( i + 1/2, j + 1/2 ) といった表記法を そのまんま何度も何度も ソースコードでの配列の添え字に流用してしまって コンパイラに怒られている様など 感動すら覚える 流体密度がアンダーシュートして負になったのを 無理矢理に補正していく様などはもうたまらない 非線形項 u ・(∂u /∂x ) から発生した高周波が 私のエリアシング阻止の思惑と共に ローパス・フィルターにばたばたと薙ぎ払われるのも最高だ 有限差分法で球座標系を扱う際の 極の座標特異点問題と厳しすぎるCFL条件とを Yin-Yangグリッドというコロンブスの卵が木端微塵に粉砕した時など 絶頂すら覚える 分散誤差に波形を滅茶苦茶に振動させられるのが好きだ 必死に守るはずだった保存量が蹂躙され 流体質量が時間ステップと共に減っていく様は とてもとても悲しいものだ 数値拡散に波形をなまらされてツルペタにされるのが好きだ デバッグに追い回され いつまで経ってもベンチマークから先に進めないのは 屈辱の極みだ 諸君 私は流体を 実現象と瓜二つの流体力学シミュレーションを望んでいる 諸君 私に付き従う流体屋諸君 君達は一体 何を望んでいる? 量子コンピュータの早期実現を望むか? 情け容赦のない特異点だらけの流れ場を望むか? 非等方性乱流の限りを尽くし 三千世界の流れ場を真似る Re = O(109) の様な流体解析を望むか? 「 流体(Fluid)!! 流体(Fluid)!! 流体(Fluid)!!」 よろしい ならば流体(Fluid)だ 我々は満身の力をこめて今まさに Enterキーを叩かんとする右手中指だ だが この慢性的な CPUパワー不足の環境に堪え続けてきた我々に ただの流体力学では もはや足りない!! 「ナビエ・ストークス方程式の解の存在と滑らかさ」問題の解決を!! ミレニアム懸賞問題の一つ「ナビエ・ストークス方程式の解の存在と滑らかさ」問題の解決を!! 我らはわずかに予算百ドル 十人に満たぬ流体屋にすぎない だが諸君は計算効率千倍の新スキーム開発者だと私は信仰している ならば我らは諸君と私で計算効率1万とんで1倍の流体解析プロジェクトX となる 我々を机上の空論と侮り 眠りこけている連中を 掃除バケツ内の非圧縮性粘性流体で叩き起こそう ディスプレイへと引きずり降ろし 可視化結果を見せつけよう 連中に億千万行のパンチカード穿孔地獄を味わわせてやる 連中に我々のソースコードの人間コンパイラをやらせてやる 速度シアーと密度差のある流体層どうしのはざまには 奴らの手計算では及びもつかない 富嶽三十六景「神奈川沖浪裏」の如きケルビン・ヘルムホルツ不安定波があることを 思い出させてやる 十人の流体屋のシミュレーションで 流れ場を再現し尽くしてやる 「 最後のバグ取り デバッグ指揮官より 全CFD要員へ 」 目標 1024自由度圧縮性MHD乱流DNS計算!! 第二次 「リチャードソンの夢」 作戦 手廻し計算器をグルグルせよ 逝くぞ 諸君
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これだけは覚えておけ!Linuxコマンド ここでは、何万(パーソナルコマンドを加えれば何億?)あるLinux-Unixのコマンドの中から、計算機科学+プログラミングに必要かつ便利なコマンドを上げてあります。 これだけは覚えておけ!Linuxコマンドpaste[ペースト] sed[セッド] awk[オーク] ar [エーアール]【ar】 tee [ティー]【tee】 sudo [須藤さん]【superuser-do】 mail [メール]【mail】 watch [ウオッチ] stty[ターミナル(端末)の環境設定]【set tty】 top 現在のシステム状況を表示する (1) paste[ペースト] 【名前】paste - ファイルを行間で連結する 【書式】paste [-s] [-d delim-list] [--serial] [--delimiters=delim-list] [--help] [--version] [file...] http //hp.vector.co.jp/authors/VA003670/bash/unixtool.htm 使い方として $paste CIP_energy.txt IDO2_energy.txt IDO3_energy.txt All_energy.txt sed[セッド] 【名前】sed - ストリームエディタ 【書式】sed [-e スクリプト] [-f command_file] [-i extension] [file ...] $sed -e 1s/\ /\ CIP_/g 2.txt 3.txt (一行目(1s)のスペース「 」を「 CIP_」に変換する、全ての(g)スペースを) awk[オーク] 【名前】awk - ファイルを行と列単位で編集するコマンド 【書式】awk 条件文{実行文} ファイル名 使い方として $awk {print $1,$2,$3,$4,$5,$6} IDO3_ele_field_harmo.txt IDO32.txt 何百列もあるIDO3_ele_field_harmo.txtから1~6列のみを間引きする ar [エーアール]【ar】 arはアーカイブの作成、変更、削除などを行います。arは.aでおわる静的ライブラリを作るのに使用されます。 ライブラリとは再利用を目的とした関数の集まりで、/usr/libや/libをみるとたくさんあると思います。なお、このライブラリにどんな関数が含まれているかを調べるには nmコマンドを使います。 $ar -t libmpi.a ライブラリのあるディレクトリで tee [ティー]【tee】 `T の文字の形のように、1つの流れを2つに分岐させることから tee という名前が付けられた。またはデータの流れが T の字だから tee という名前になった。配管屋はチーズ(tees)と言うらしい。 tee [-ai] [--append] [--ignore-interrupts] [--help] [file...] 標準入力を標準出力とファイルに同時に出力する、makeのログとかを取れるので常用する。ただし,-aオプションをつけないと既存のファイルがあった場合上書きしてしまうので注意が必要。 $ make 2 1 | tee /usr/myname/Desktop/make_log.txt (sh・bash の場合) とすると、コンパイル結果を画面で確認しつつ、ファイル make-log にコンパイルの過程を書き込むことができる。コンパイルが失敗すると、すぐに画面上で確認できる上に、make コマンド終了後にゆっくりログファイルを見て、どこで失敗したかを知ることができる。 sudo [須藤さん]【superuser-do】 特定のコマンドのみを root 権限で実行するためのコマンド。"soo-doo[スードゥー]" と発音するらしいが、日本では(愛着?)を込めて[須藤さん]と呼ぶ人が多い。 $ sudo make install 「あるユーザだけには許可したいが、root 権限を与えたくはない場合に使う。また、誰がどういうコマンドを実行したかは /var/log/messages や /var/log/syslog に記録される。」 らしい、Macではデフォルト設定ではrootになれないので多用します。 mail [メール]【mail】 メールを送る、数値計算が終わった後に携帯等にメールが送られるようにスクリプトに記述しておくと便利。 $mail 123@aiueo.co.jp 学内や社内からだと送れないことがあります yama07 ~ macmini$ mail ***@12345.ne.jp Subject testmail2 -題名 test -本文 EOT ポインタ(カーソル)を先頭に持って行ってCtrl+Dでmailエディタ終了+送信 watch [ウオッチ] watchはコマンドを一定間隔で実行するコマンドです。 $watch -d -n 3 "date" 現在の時間を三秒毎に更新する stty[ターミナル(端末)の環境設定]【set tty】 ターミナル実行中にプログラムを止めたい(killではなく)場合sttyに設定されたように ^S[Ctrl+S]を押してやれば、一時停止する。 デフォルトのキー割当を覚えておくと便利。 yama07 macmini$ stty -a speed 9600 baud; 32 rows; 87 columns; lflags icanon isig iexten echo echoe -echok echoke -echonl echoctl -echoprt -altwerase -noflsh -tostop -flusho pendin -nokerninfo -extproc iflags -istrip icrnl -inlcr -igncr ixon -ixoff ixany imaxbel -ignbrk brkint -inpck -ignpar -parmrk oflags opost onlcr -oxtabs -onocr -onlret cflags cread cs8 -parenb -parodd hupcl -clocal -cstopb -crtscts -dsrflow -dtrflow -mdmbuf cchars discard = ^O; dsusp = ^Y; eof = ^D; eol = undef ; eol2 = undef ; erase = ^?; intr = ^C; kill = ^U; lnext = ^V; min = 1; quit = ^\; reprint = ^R; start = ^Q; status = ^T; stop = ^S; susp = ^Z; time = 0; werase = ^W; top 現在のシステム状況を表示する (1) 構文 top [-] [d delay] [q] オプション d delay 検査間隔を指定する。単位は秒 q topを最高の優先順位で実行する。ただし,スーパーユーザーである必要がある 説明 CPUのプロセスをリアルタイムで表示する。実行中はシステム上でリソースを最も使用しているプロセスを上から順に表示する。CtrlキーとCキーを同時に押すことで終了する。表示されるステータスは以下の通り。 ステータス PID プロセスID USER プロセスを実行しているユーザー名 PRI 優先度 NI ナイス値 SIZE 仮想イメージの大きさ RSS 使用中の物理メモリー量 SHARE 使用中の共有メモリー量 STAT プロセスのステータス。Rは実行可能,Sは停止,Dは割り込み不可の停止,Tは停止またはトレース中,Zはゾンビ・プロセス,Wはスワップ・アウトしたプロセス,Nはナイス値が正であることを表す LIB ライブラリが使用するページ・サイズ %CPU CPU占有率 %MEM メモリー占有率 TIME プロセス開始からの実行時間 COMMAND タスクのコマンド名
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気体力学シリーズ3:分子気体力学(青木一生さん) -- (book) 2007-01-19 17 38 00