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Latexの使い方 Latexの使い方 LaTeXの入手方法LaTeXの実行環境 bstファイルのカスタマイズ方法カスタマイズしたbstファイル群 bstファイルの置き場 jecon.bstについて入手方法 カスタマイズ方法 makebstについて入手方法 下準備 カスタマイズ方法 1問目 Do you want a description of the usage? (NO) 2問目 Enter the name of the MASTER file (default=merlin.mbs) 3問目 Name of the final OUTPUT .bst file? (default extension=bst) 4問目 Give a comment line to include in the style file. Something like for which journals it is applicable. 5問目 Do you want verbose comments? (NO) 6問目 Name of language definition file (default=merlin.mbs) 7問目 Include file(s) for extra journal names? (NO) 8問目 INTERNAL LANGUAGE SUPPORT (if no external language file) 9問目 STYLE OF CITATIONS 10問目 AUTHOR--YEAR SUPPORT SYSTEM (if author-year citations) 11問目 LANGUAGE FIELD 12問目 ANNOTATIONS 13問目 PRESENTATIONS 14問目 ORDERING OF REFERENCES (if author-year citations) 15問目 ORDER ON VON PART (if not citation order) 16問目 AUTHOR NAMES 17問目 EDITOR NAMES IN COLLECTIONS (if author names reversed) 18問目 POSITION OF JUNIOR (if author names reversed) 19問目 JUNIOR PART IN CITATION (if author names reversed) 20問目 PUNCTUATION BETWEEN AUTHOR NAMES 21問目 ADJACENT REFERENCES WITH REPEATED NAMES 22問目 NUMBER OF AUTHORS IN BIBLIOGRAPHY 23問目 AUTHORS IN CITATIONS 23.5問目 MAX AUTHORS BEFORE ET AL (if regular cite not selected) 23.55問目 MAX AUTHORS WITHOUT ET AL (if regular cite not selected) 24問目 TYPEFACE FOR AUTHORS IN LIST OF REFERENCES 25問目 FONT OF CITATION LABELS IN TEXT (if author-year citations) 26問目 FONT OF EXTRA LABEL (The extra letter on the year) 27問目 LABEL WHEN AUTHORS MISSING (if author-year citations) 28問目 MISSING DATE (if author-year citations) 29問目 DATE POSITION 30問目 DATE FORMAT (if author-year citations) 31問目 INCLUDE MONTHS 32問目 DATE PUNCTUATION (if date not at end) 33問目 BLANK AFTER DATE 34問目 DATE FONT 35問目 TRUNCATE YEAR (if author-year citations) 36問目 TITLE OF ARTICLE 37問目 CAPITALIZATION OF ARTICLE TITLE 38問目 ARTICLE TITLE PRESENT 39問目 JOURNAL NAMES 40問目 JOURNAL NAME FONT 41問目 THESIS TITLE 42問目 TECHNICAL REPORT TITLE 43問目 JOURNAL VOLUME 44問目 JOURNAL VOL AND NUMBER 45問目 VOLUME PUNCTUATION 46問目 YEAR IN JOURNAL SPECIFICATION 47問目 PAGE NUMBERS 48問目 LARGE PAGE NUMBERS 49問目 WORD `PAGE' IN ARTICLES 50問目 POSITION OF PAGES 51問目 WORD `VOLUME' IN ARTICLES 52問目 NUMBER AND SERIES FOR COLLECTIONS 53問目 POSITION OF NUMBER AND SERIES 54問目 VOLUME AND SERIES FOR BOOKS/COLLECTIONS 55問目 POSITION OF VOLUME AND SERIES FOR INCOLLECTIONS 56問目 JOURNAL NAME PUNCTUATION 57問目 BOOK TITLE 58問目 PAGES IN BOOKS 59問目 TOTAL PAGES OF A BOOK 60問目 PUBLISHER ADDRESS 61問目 PUBLISHER IN PARENTHESES 62問目 PUBLISHER POSITION 63問目 ISBN NUMBER 64問目 ISSN NUMBER 65問目 DOI NUMBER 66問目 `EDITOR' AFTER NAMES (EDITED BOOKS WITHOUT AUTHORS) 67問目 EDITOR IN COLLECTIONS 68問目 PUNCTUATION BETWEEN SECTIONS (BLOCKS) 69問目 PUNCTUATION AFTER AUTHORS 70問目 PUNCTUATION AFTER `IN' 71問目 `IN' WITH JOURNAL NAMES (if using 'in' with collections) 72問目 FINAL PUNCTUATION 73問目 ABBREVIATE WORD `PAGES' (if not using external language file) 74問目 ABBREVIATE WORD `EDITORS' 75問目 OTHER ABBREVIATIONS 76問目 EDITION NUMBERS 77問目 STORED JOURNAL NAMES 78問目 AMPERSAND 79問目 COMMA BEFORE `AND' 80問目 NO `AND' IN REFERENCE LIST 81問目 COMMA BEFORE `ET AL' 82問目 FONT OF `ET AL' 83問目 ADDITIONAL REVTeX DATA FIELDS 84問目 E-PRINT DATA FIELD (without REVTeX fields) 85問目 URL ADDRESS (without REVTeX fields) 86問目 REFERENCE COMPONENT TAGS 87問目 EMPHASIS (affects all so-called italics) 88問目 COMPATIBILITY WITH PLAIN TEX Finished!!お疲れ様でした~!! カスタマイズに失敗しちゃった!!dbjファイルをいじる dbjファイルからbstファイルへ LaTeXの入手方法 LaTeX は以下の場所で入手できます。 TeXインストーラ3 TeX環境インストーラー これらはいずれもほぼクリックのみで導入が可能で、面倒な環境設定の変更などがなく、関連ソフトのインストールも同時に行ってくれるので、初心者でも扱いやすいものです。 LaTeXの実行環境 LaTeXはインストールしただけでは使えません。なんらかのテキストエディタが必要になります。代表的なのはWinshellですが、私はMeadowをお勧めしています。 入手方法や実行環境(エディタ)についてより詳しいことは、Tex Wikiを参照してください。 bstファイルのカスタマイズ方法 論文を投稿するとき、いつも悩ましいのが論文の引用形式である。雑誌によって様々な形式を取るのだが、bibtexでこれに対応するためには、bstファイルと呼ばれるものをカスタマイズする必要がある。ここではその方法を紹介する。 TOP bstファイルのカスタマイズ方法は大きく分けて2つある。 jecon.bstを自分で改変する。 makebstを使う。 これらは比較的カスタマイズが簡単な方法である。jecon.bstを改変する方が簡単だが、複雑な形式変更には対応できないため、その場合はmakebstを使うことになるだろう。 TOP カスタマイズしたbstファイル群 順次載せていくつもりです。Bibtexで使うのはbstファイルだけですが、dbjファイルの方がはるかに修正しやすいので(後述)一緒に載せておきます。激しく間違えているときはご一報いただければ(直せる範囲で)直しますが、細かい修正でしたらご自分でdbjファイルをいじった方が早いと思います。 American Journal of Botany(bstファイル、dbjファイル) Canadian Journal of Forest Research(bstファイル、dbjファイル) Springer系列(bstファイル、dbjファイル) Ecoscience(bstファイル、dbjファイル) Restoration Ecology(bstファイル、dbjファイル) Ecology(bstファイル) Forest Ecology and Management(bstファイル、dbjファイル) bstファイルの置き場 作成したbstファイルは、各自の環境に応じてLaTeXをインストールしたフォルダ内に入れる。たとえば私であれば、 C \tex\share\texmf\jbibtex\bst となる。自分の環境でどこに入れていいかわかんないよー、という方は、LaTeXをインストールしたフォルダ内で「.bst」という検索単語で検索をかける。すると、LaTeXにデフォルトでインストールされているbstファイルのある場所がわかるので、同じ場所に入れればよい。 jecon.bstについて これは関東学園大学の武田先生という方が作成されたものである。経済学の場面で使うことが念頭に置かれているようだが、カスタマイズのしやすさから、自然科学の論文作成にも十分耐え得るものである。 TOP 入手方法 ここから入手できる。 TOP カスタマイズ方法 作者の解説が丁寧でわかりやすいので、ページ内の解説を見てください。 基本的にjecon.bstをメモ帳などのテキストエディタで開くと、最初の方にカスタマイズのための関数が並んでいる。そこの数字を変えることで、カスタマイズが出来る。気が向いたら解説を書くかも。 TOP makebstについて こちらはPatrick W. Dalyさんが作成したもの。jecon.bstよりもカスタマイズできる箇所がもう少し多い。ただしレファレンスなどは全て英語であり、また動かし方が簡単とはいえない。私が使ったときの記録を載せておく。 ちなみに、makebstを使おうという人は、 jecon.bstで対応できないカスタマイズであるかどうか確認しておく 久保さんの苦闘記録を読んでおく という2点を済ませてから取りかかろう。要するに、それなりの覚悟が必要だということである。 TOP 入手方法 ここのページの上のほうにある、custom-bibをダウンロードする。zip形式でまとめて落とすことが出来る。 TOP 下準備 zipフォルダ内にcustom-bibというフォルダがあるので、わかりやすくするため「makebst」とでも名前を変えて適当な場所で保存(後の都合上、c\ 直下に置いた方が楽)。 何かしらのshellを立ち上げる。Windowsユーザーであれば、スタート→プログラム→アクセサリにある、コマンドプロンプトを使うのが簡単でいいだろう。ただし操作性は最低である。 TOP カスタマイズ方法 これがとても長い道のりである。 コマンドプロンプトを立ち上げたら、 cd c \makebst\ と入力し、Enterを押す。これは、コマンドプロンプトの作業場所(カレントディレクトリ)をc \makebst\に変更する命令である。 カレントディレクトリを変更したら、 latex makebst.tex と入力する。質問の始まりである。 TOP 1問目 Do you want a description of the usage? (NO) Do you want a description of the usage? (NO) 解説が必要ですか? と聞かれるので、yと入力し、Enterを押す。ここは特に理由がなければyでよい。 TOP 2問目 Enter the name of the MASTER file (default=merlin.mbs) Enter the name of the MASTER file (default=merlin.mbs) マスターファイルの名前を入力せよ と聞かれるので、ここも頭を使わずにmerlin.mbsと打ち込めばよい。merlin.mbsはダウンロードしたcustom-bibに用意されているものである。 TOP 3問目 Name of the final OUTPUT .bst file? (default extension=bst) Name of the final OUTPUT .bst file? (default extension=bst) 出来あがるbstファイルの名前を入力せよ ここは適当に。今回はtest.bstとする。 TOP 4問目 Give a comment line to include in the style file. Something like for which journals it is applicable. Give a comment line to include in the style file. Something like for which journals it is applicable. 出来上がるbstファイルに何かコメントを加える? 出来上がった後でも出来るし、とりあえず何も入力せずEnterだけ押す。 TOP 5問目 Do you want verbose comments? (NO) Do you want verbose comments? (NO) 何か長いコメントを入れるか? とりあえずこれもいらないので、nを打ち込む。 TOP 6問目 Name of language definition file (default=merlin.mbs) Name of language definition file (default=merlin.mbs) (よくわからないが)言語を定義するファイルの名前は? デフォルトのままでいいでしょう。merlin.mbsと打ち込む。 TOP 7問目 Include file(s) for extra journal names? (NO) Include file(s) for extra journal names? (NO) (これもよくわからないが)特別な雑誌名のためのファイルを含むか? 特に必要とは思えない。nでよい。 TOP 8問目 INTERNAL LANGUAGE SUPPORT (if no external language file) INTERNAL LANGUAGE SUPPORT (if no external language file) (*) English words used explicitly (b) Babel (words replaced by commands defined in babelbst.tex) 内部で使用可能な言語 普通の人は英語だけのはず。英語の人は*を打ち込み、それ以外の言語も使う、という人はbを打ち込む。 TOP ここからいよいよ体裁のカスタマイズに関する質問になる。ちなみに、よくわからなかったらデフォルト(*)をとりあえず選んでおこう。また、答え方によってはここにある質問以外が問われる場合もあるので、全員必ずしも同じ質問とは限らない。 (if author-year citations)とある質問は、文章中での引用箇所に関する質問(だと思う)。 9問目 STYLE OF CITATIONS STYLE OF CITATIONS (*) Numerical as in standard LaTeX (a) Author-year with some non-standard interface (b) Alpha style, Jon90 or JWB90 for single or multiple authors (o) Alpha style, Jon90 even for multiple authors (f) Alpha style, Jones90 (full name of first author) (c) Cite key (special for listing contents of bib file) 文章中での文献の引用形式を指定せよ 普通の自然科学の論文だとa。それ以外は用途に合わせて。 TOP 10問目 AUTHOR--YEAR SUPPORT SYSTEM (if author-year citations) AUTHOR--YEAR SUPPORT SYSTEM (if author-year citations) (*) Natbib for use with natbib v5.3 or later (o) Older Natbib without full authors citations (l) Apalike for use with apalike.sty (h) Harvard system with harvard.sty (a) Astronomy system with astron.sty (c) Chicago system with chicago.sty (n) Named system with named.sty (d) Author-date system with authordate1-4.sty 著者-年号の形式として、どの形式を用いるか? 特に理由がなければデフォルト(*)でよい。 TOP 11問目 LANGUAGE FIELD LANGUAGE FIELD (*) No language field (l) Add language field to switch hyphenation patterns temporarily 言語切り替え用の入力欄があるか? 普通はないので、*。 TOP 12問目 ANNOTATIONS ANNOTATIONS (*) No annotations will be recognized (a) Annotations in annote field or in .tex file of citekey name 注釈を取り入れるか? 普通は必要ないので、*。 TOP 13問目 PRESENTATIONS PRESENTATIONS (*) Do not add presentation type for conference talks (p) Add presentation, speaker not highlighted (b) Presentation, speaker bold face (i) Presentaion, speaker italic (c) Presentaion, speaker in small caps 口頭発表などの場合、その方式などを入れるか?入れるなら、どのような文字で取り入れるか(普通、斜体など)? 口頭発表を引用文献に入れることはまずない。*でよい。 TOP 14問目 ORDERING OF REFERENCES (if author-year citations) ORDERING OF REFERENCES (if author-year citations) (*) Alphabetical by all authors (l) By label (Jones before Jones and James before Jones et al) (k) By label and cite key instead of label and title, as above (d) Year ordered and then by authors (for publication lists) (r) Reverse year ordered and then by authors (most recent first) (c) Citation order (unsorted, only meaningful for numericals) 著者をどのような順番で並べるか? 普通はアルファベット順なので*。筆頭著者は同じだが、単著と共著などで順番を入れ替える場合はlなどを使う。natureなど、出てきた順番に文献に番号が振られ、その番号順に並べたいときはc。 TOP 15問目 ORDER ON VON PART (if not citation order) ORDER ON VON PART (if not citation order) (*) Sort on von part (de la Maire before Defoe) (x) Sort without von part (de la Maire after Mahone) (かなり怪しいが)苗字(Family name)で並べるか? 通常は苗字で並べるはずなので、*。 TOP 16問目 AUTHOR NAMES AUTHOR NAMES (*) Full, surname last (John Frederick Smith) (f) Full, surname first (Smith, John Frederick) (i) Initials + surname (J. F. Smith) (r) Surname + initials (Smith, J. F.) (s) Surname + dotless initials (Smith J F) (w) Surname + comma + spaceless initials (Smith, J.F.) (x) Surname + pure initials (Smith JF) (y) Surname + comma + pure initials (Smith, JF) (z) Surname + spaceless initials (Smith J.F.) (a) Only first name reversed, initials (AGU style Smith, J. F., H. K. Jones) (b) First name reversed, with full names (Smith, John Fred, Harry Kab Jones) 名前の並べ方 引用文献リストにおいて、著者名をどのように表記するかを指定する。この辺からありがたみがわかるかも。最初の著者は姓名、それ以降の著者は名姓といった複雑な形式にも対応している(その場合はa)。 TOP 17問目 EDITOR NAMES IN COLLECTIONS (if author names reversed) EDITOR NAMES IN COLLECTIONS (if author names reversed) (*) Editor names NOT reversed as edited by J. J. Smith (r) Editor names reversed just like authors Collection(本だが、各章に著者がいてその章だけを引用する場合に使う.bibファイルでの文献の種類の一つ)において、16問目で姓名の順番を逆(例えばa)にしていた場合、本全体の著者の名前も同様に逆にするか? 雑誌によって異なる。実際に雑誌に掲載されている論文を見て確認するのが一番。 TOP 18問目 POSITION OF JUNIOR (if author names reversed) (*) Junior comes last as Smith, John, Jr. (m) Junior between as Smith, Jr., John Jr.をどの位置に挿入するか? TOP 19問目 JUNIOR PART IN CITATION (if author names reversed) POSITION OF JUNIOR (if author names reversed) (*) No `junior part in the citations but in the ref listing (j) `Junior in citations as well as in ref listing 名前にJrがある場合、どうするか? デフォルト(*)なら文中で引用するときは含めず、引用文献リストの中では表示する。jなら両方で表示。 TOP 20問目 PUNCTUATION BETWEEN AUTHOR NAMES PUNCTUATION BETWEEN AUTHOR NAMES (*) Author names separated by commas (s) Names separated by semi-colon (h) Names separated by slash / 著者の間を何で区切るか? 普通はカンマ(,)のはずなので、*。 TOP 21問目 ADJACENT REFERENCES WITH REPEATED NAMES ADJACENT REFERENCES WITH REPEATED NAMES (*) Author/editor names always present (d) Repeated author/editor names replaced by dash (2) Repeated author/editor names replaced by 2 dashes (3) Repeated author/editor names replaced by 3 dashes 同じ著者が連続した場合、2つ目以降を省略するか? 省略しないなら*。省略する場合は横線(ダッシュ)を使うが、その長さがd、2、3でそれぞれ異なる。 TOP 22問目 NUMBER OF AUTHORS IN BIBLIOGRAPHY NUMBER OF AUTHORS IN BIBLIOGRAPHY (*) All authors included in listing (l) Limited authors (et al replaces missing names) 引用文献リスト中で、一つの文献につき最大何人まで表示させるか? 雑誌によっては引用文献リスト中においても、多すぎる分はet al.とせよと指定してくる場合がある。その場合はl、そうでなければ(何人いようが表示させる)*。ちなみにlを選んだ場合は、次の質問の前に何人までか?と聞かれる(気がする)。 TOP 23問目 AUTHORS IN CITATIONS AUTHORS IN CITATIONS (*) One author et al for three or more authors (m) Some other truncation scheme 文章中で何人の著者名を表示するか? 21問目の文章中のバージョンですね。普通(1、2名なら全部表示、3人目以降はet al.)は*。そうでない場合はm。 TOP 23.5問目 MAX AUTHORS BEFORE ET AL (if regular cite not selected) (*) One et al (2) One, Two et al. (3) One, Two, Three et al. (4) One, Two, Three, Four et al. (5) One, Two, Three, Four, Five et al. et alを付ける場合、最初の何人目まで表示させるか? 23問目で(m)を選んだ場合に現れる。普通(et alの前は1名だけ)は*。 TOP 23.55問目 MAX AUTHORS WITHOUT ET AL (if regular cite not selected) (*) Two authors without truncating (3) Three authors without truncating (4) Four authors without truncating (5) Five authors without truncating et alを付けるのは著者が何人以上いる場合か? 23問目で(m)を選んだ場合に現れる。普通は3人以上いる場合にet alを付けるが、その場合は23問目で*を選べばいい。なので、それ以外の場合。イギリス生態学会系列だと3(3人までは全部表示。4人以降はet al.で省略)。 TOP 24問目 TYPEFACE FOR AUTHORS IN LIST OF REFERENCES TYPEFACE FOR AUTHORS IN LIST OF REFERENCES (*) Normal font for author names (s) Small caps authors (\sc) (i) Italic authors (\it or \em) (b) Bold authors (\bf) (u) User defined author font (\bibnamefont) 著者の文字を装飾するか? 普通はしないので*。斜体だったらi、全て大文字だったらsを打ち込む。 TOP 25問目 FONT OF CITATION LABELS IN TEXT (if author-year citations) FONT OF CITATION LABELS IN TEXT (if author-year citations) (*) Cited authors plain as result of \cite command (i) Cited authors italic (s) Cited authors small caps (b) Cited authors bold (u) User defined citation font (\citenamefont) 本文中で文献を引用するときに、著者名の文字をどうするか? 普通は特に装飾せずに書くので*。 TOP 26問目 FONT OF EXTRA LABEL (The extra letter on the year) FONT OF EXTRA LABEL (The extra letter on the year) (*) Extra label plain (i) Extra label italic 発行年に関して何か特別な情報がある場合、文字をどうするか? 聞いたこともないので*でよい。 TOP 27問目 LABEL WHEN AUTHORS MISSING (if author-year citations) LABEL WHEN AUTHORS MISSING (if author-year citations) (*) Year blank when KEY replaces missing author (for natbib 7.0) (y) Year included when KEY replaces missing author bibファイルに著者名がない場合年を出力するか? あんまり考えられないケースなのでどちらでもいいだろう。 TOP 28問目 MISSING DATE (if author-year citations) MISSING DATE (if author-year citations) (*) Missing date set to ???? in label and text (b) Missing date left blank bibファイルに年データがない場合どうするか? ????を出力するか(*)、空欄にしておくか(b)。これもあまり考えられないケースなのでどちらでもいいだろう。ちなみに、DATEとは発行年のことである。 TOP 29問目 DATE POSITION DATE POSITION (*) Date at end (b) Date after authors (j) Date part of journal spec. (as 1994;45 34-40) else at end (e) Date at very end after any notes 発行年をどの位置に置くか? 著者の後ろが普通だと思うので、b。その他は投稿規程に合わせて。 TOP 30問目 DATE FORMAT (if author-year citations) DATE FORMAT (if author-year citations) (*) Year plain without any brackets (p) Year in parentheses as (1993) (b) Year in brackets as [1993] (c) Year preceded by colon as ` 1993 (d) Year preceded by period as `. 1993 (m) Date preceded by comma as `, 1993 (s) Year preceded by space only, as ` 1993 本文中の引用箇所において、著者-年の表記をどうするか? これも投稿規程に合わせて。ただ実際には、natbibにおける引用箇所のコマンド(\citealt、\citealpなど)の方が優先される(っぽい) 注!:なぜかこれは引用文献リストのほうにも反映される(っぽい)ので、ほとんどの雑誌ではピリオド(.)で終わるはずなので、とりあえずdにしておいて、本文の引用箇所は\citealt、\citealpで制御する。 TOP 31問目 INCLUDE MONTHS INCLUDE MONTHS (*) Date is year only without the month (m) Include month in date 発行月を加えるか? 月を加えるなど聞いたことがない。*で。 TOP 32問目 DATE PUNCTUATION (if date not at end) DATE PUNCTUATION (if date not at end) (*) Date with standard block punctuation (comma or period) (c) Colon after date as 1994 (s) Semi-colon after date as 1994; (p) Period after date even when blocks use commas (x) No punct. after date 発行年の最後をどうするか? 投稿規程に合わせて。ピリオドならp、()でくくるならxだろうか。 TOP 33問目 BLANK AFTER DATE BLANK AFTER DATE (*) Space after date and punctuation (x) No space after date as 1994 45 発行年+上記の区切りの後にスペースを入れるか? 普通は*でいいだろう。 TOP 34問目 DATE FONT DATE FONT (*) Date in normal font (b) Date in bold face 発行年の文字をどうする? 投稿規程に合わせて。普通は*。 TOP 35問目 TRUNCATE YEAR (if author-year citations) TRUNCATE YEAR (if author-year citations) (*) Year text full as 1990--1993 or `in press (t) Year truncated to last 4 digits 文中で引用するときに、発行年の表記をどうするか? 複数年にまたがるケースはほぼないだろうが、in pressはありえるので*にしておく。 TOP 36問目 TITLE OF ARTICLE TITLE OF ARTICLE (*) Title plain with no special font (i) Title italic (\em) (q) Title and punctuation in single quotes (`Title, ..) (d) Title and punctuation in double quotes (``Title, ..) (g) Title and punctuation in guillemets ( Title, ..) (x) Title in single quotes (`Title , ..) (y) Title in double quotes (``Title , ..) (z) Title in guillemets ( Title , ..) 引用文献リスト中において、論文名の文字はどうするか? 通常は*(普通の文字)。たまにiがあるぐらいだろうか。 TOP 37問目 CAPITALIZATION OF ARTICLE TITLE CAPITALIZATION OF ARTICLE TITLE (*) Sentence style (capitalize first word and those in braces) (t) Title style (just as in bib entry) 論文名の先頭を大文字にするか? 文章スタイル(先頭だけ大文字)なら*。tはbibファイルに書き込んだとおりに出力する(途中で大文字が挟まる場合。こちらが一般的?)。 TOP 38問目 ARTICLE TITLE PRESENT ARTICLE TITLE PRESENT (*) Article title present in journals and proceedings (x) No article title 論文や紀要のタイトルを含めるか? 含めないなんて聞いたことがない。*で。 TOP 39問目 JOURNAL NAMES JOURNAL NAMES (*) Periods in journal names are retained, as `Phys. Rev. (x) Dotless journal names as `Phys Rev 雑誌名に省略形を入力していた場合、ピリオド(.)を残すか? 雑誌の投稿規程に合わせて。 TOP 40問目 JOURNAL NAME FONT JOURNAL NAME FONT (*) Journal name italics (r) Journal name normal font 雑誌名の文字をどうする? これも投稿規程に合わせて。 TOP 41問目 THESIS TITLE THESIS TITLE (*) Thesis titles like books (a) Thesis title like article 学位論文のタイトルをどのように表示するか? 本(*)または論文(a)のようにする。投稿規程に合わせて。違いがなければどちらでもよい。 TOP 42問目 TECHNICAL REPORT TITLE TECHNICAL REPORT TITLE (*) Tech. report title like articles (b) Tech. report title like books Technical reportのタイトルの表記の仕方をどうする? 投稿規程に合わせて。普通はTechnical reportを含んでいないことが多いだろうから、どちらでもよいといえばどちらでもよい。 43問目 JOURNAL VOLUME JOURNAL VOLUME (*) Volume plain as vol(num) (i) Volume italic as {\em vol}(num) (b) Volume bold as {\bf vol}(num) (d) Volume and number bold as {\bf vol(num)} 論文の掲載「号」の文字をどうするか? これも投稿規程に合わせて。*かbが多いだろうか。 44問目 JOURNAL VOL AND NUMBER JOURNAL VOL AND NUMBER (*) Journal vol(num) as 34(2) (s) Journal vol (num) as 34 (2) (c) Journal vol, num as 34, 2 (n) Journal vol, no. num as 34, no. 2 (h) Journal vol, \# number as 34, \#2 (b) Journal vol number as 34 2 (x) Journal vol, without number as 34 論文の掲載「号」と号内での「番号」をどう表記するか? 番号を載せることがあまりないのでどれでもいいといえばどれでもいい。載せる場合は投稿規程に合わせて選択。 45問目 VOLUME PUNCTUATION VOLUME PUNCTUATION (*) Volume with colon as vol(num) ppp (s) Volume with colon and space as vol(num) ppp (h) Volume with semi-colon as vol(num); ppp (c) Volume with comma as vol(num), ppp (b) Volume with blank as vol(num) ppp 号の区切り方をどうするか? これも投稿規程に合わせて。Springer系列なら*になる。jecon.bstで出来ないことの一つ。 46問目 YEAR IN JOURNAL SPECIFICATION YEAR IN JOURNAL SPECIFICATION (*) Journal year like others as given by date position (v) Journal vol(year) as 34(1995) (s) Journal vol (year) as 34 (1995) (p) Year with pages as 34(2), (1995) 1345--1387 (c) Year, comma, pages as 34(2), (1995), 1345--1387 掲載号や年の表記をどうするか? 自然科学の論文では掲載年は著者名の後が一般的なので*。それ以外なら投稿規程に合わせて選択。 47問目 PAGE NUMBERS PAGE NUMBERS (*) Start and stop page numbers given (f) Only start page number bibファイル中で、ページ数は開始と終わり両方与えられているか? 普通は両方書いておくはずなので、*。 48問目 LARGE PAGE NUMBERS LARGE PAGE NUMBERS (*) No separators for large page numbers (c) Comma inserted over 9999 as 11,234 (s) Thin space inserted over 9999 as 11 234 (p) Period inserted over 9999 as 11.234 ページ数が大きいときに、何か区切りを入れるか?(例えば10000を超えるような場合に10,000とかにするか?) 投稿規程に合わせて。普通は特に処理しないと思うので*。 49問目 WORD `PAGE IN ARTICLES WORD `PAGE IN ARTICLES (*) Article pages numbers only as 234-256 (p) Include `page in articles as pp. 234--256 論文の「ページ」の表記をどうするか? 通常は番号だけの出力なので、*。pp.とつけるのは本とかの場合が多い(はず)。 50問目 POSITION OF PAGES POSITION OF PAGES (*) Pages given mid text as is normal (e) Pages at end but before any notes ページを出力する位置をどうするか? 特別な理由がなければ、通常定められた位置でいいので*。 51問目 WORD `VOLUME IN ARTICLES WORD `VOLUME IN ARTICLES (*) Article volume as number only as 21 (p) Include `volume in articles as vol. 21 論文の「号」の表記をどうするか? 通常は番号だけの出力なので、*。 52問目 NUMBER AND SERIES FOR COLLECTIONS NUMBER AND SERIES FOR COLLECTIONS (*) Allows number without series and suppresses word "number" (s) Standard BibTeX as "number 123 in Total Works"; error if number and no series Collectionにおけるシリーズ番と番号を出力方法 あんまり使うことないんでどちらでもよい。 53問目 POSITION OF NUMBER AND SERIES POSITION OF NUMBER AND SERIES (*) After chapter and pages as in standard BibTeX (t) Just before publisher or organization シリーズ番と番号の出力位置。 前述のようにあんまり使うことないんでどちらでもよい。使う必要がある雑誌に当たったら考えてください。 54問目 VOLUME AND SERIES FOR BOOKS/COLLECTIONS VOLUME AND SERIES FOR BOOKS/COLLECTIONS (*) Vol. 23 of Series as in standard BibTeX (s) Series, vol. 23 BooksまたはCollectionsにおける号とシリーズ番の出力方法。 投稿規程に合わせて。 55問目 POSITION OF VOLUME AND SERIES FOR INCOLLECTIONS POSITION OF VOLUME AND SERIES FOR INCOLLECTIONS (*) Series and volume after the editors (e) Series and volume after booktitle and before editors 54の問のIncollectionバージョン。 投稿規程に合わせて。 56問目 JOURNAL NAME PUNCTUATION JOURNAL NAME PUNCTUATION (*) Comma after journal name (x) Space after journal name 雑誌名の後に区切りとして何を入れるか? 投稿規程に合わせて。 57問目 BOOK TITLE BOOK TITLE (*) Book title italic (\em) (p) Book title plain (no font command) Bookのタイトルの文字をどうするか? 投稿規程に合わせて。pの方が一般的? 58問目 PAGES IN BOOKS PAGES IN BOOKS (*) Pages in book plain as pp. 50-55 (p) Pages in book in parentheses as (pp. 50-55) (x) Pages in book bare as 50-55 Bookの場合のページ表記方法 投稿規程に合わせて。*が最も一般的だろうか。 59問目 TOTAL PAGES OF A BOOK TOTAL PAGES OF A BOOK (*) Total book pages not printed (p) For book 345 pages or pp. (a) Total book pages before publisher Bookを引用するとき、本の全ページも表示するか?その位置は? これも投稿規程に合わせて。 60問目 PUBLISHER ADDRESS PUBLISHER ADDRESS (*) Publisher, address as Harcourt, New York (a) Address Publisher as New York Harcourt Bookを引用するときは出版社(Publisher)と所在地(Address)を出力するが、その表記順番は? 普通は*だと思う。 61問目 PUBLISHER IN PARENTHESES PUBLISHER IN PARENTHESES (*) Publisher as normal block without parentheses (p) Publisher in parentheses (d) Publisher and date in parentheses (Oxford, 1994) (c) Publisher and date in parentheses, no comma (Oxford 1994) (f) Publisher and date without parentheses Oxford, 1994 (k) Publisher and date, no parentheses, no comma Oxford 1994 Publisherの表記方法 普通は*だと思うが、投稿規程に合わせて。 62問目 PUBLISHER POSITION PUBLISHER POSITION (*) Publisher after chapter, pages (p) Publisher before chapter, pages (e) Publisher after edition Publisherの出力位置 投稿規程に合わせて。 63問目 ISBN NUMBER ISBN NUMBER (*) Include ISBN for books, booklets, etc. (x) No ISBN 本によく付いているISBNを出力するか? 投稿規程に合わせて。 64問目 ISSN NUMBER ISSN NUMBER (*) Include ISSN for periodicals (x) No ISSN ISSNを出力するか? 投稿規程に合わせて。 65問目 DOI NUMBER DOI NUMBER (*) Include DOI as "doi number" (a) Insert DOI AGU style as part of page number (x) No DOI DOIを出力するか? 投稿規程に合わせて。 66問目 `EDITOR AFTER NAMES (EDITED BOOKS WITHOUT AUTHORS) `EDITOR AFTER NAMES (EDITED BOOKS WITHOUT AUTHORS) (*) Word `editor after name (a) `Name (editor), in parentheses, after name, comma after (b) `Name (Editor), as above, editor upper case (c) `Name, (editor) in parentheses, after name, comma between (d) `Name, (Editor) as above, editor upper case (e) `Name (editor) in parentheses, after name, no commas (f) `Name (Editor) as above, editor upper case 著者とは別に編集者(Editor、eds.など)がいるとき、その表記をどうするか? 投稿規程に合わせて。 67問目 EDITOR IN COLLECTIONS EDITOR IN COLLECTIONS (*) Same as for edited book (names before booktitle) (b) In booktitle, edited by .. (where .. is names) (p) In booktitle (edited by ..) (c) In booktitle, (edited by ..) (e) In booktitle, editor .. (f) In booktitle, (editor) .. (k) In booktitle (editor..) (g) In booktitle, (editor..) (j) In booktitle, .., editor (m) In booktitle (.., editor) Collectionにおいて編集者の出力をどうするか? これも投稿規程に合わせて。 68問目 PUNCTUATION BETWEEN SECTIONS (BLOCKS) PUNCTUATION BETWEEN SECTIONS (BLOCKS) (*) \newblock after blocks (periods or new lines with openbib option) (c) Comma between blocks (s) Semi-colon between blocks (b) Blanks between blocks (t) Period after titles of articles, books, etc else commas (u) Colon after titles of articles, books, etc else commas (a) Period after titles of articles else commas (d) Colon after titles of articles else commas bibtexにおいてblockとは「著者」とか「タイトル」とかの単位をさすが、そのblock間に何を出力するか? 特に理由がなければ*でいいだろう。 69問目 PUNCTUATION AFTER AUTHORS PUNCTUATION AFTER AUTHORS (*) Author block normal with regular block punctuation (c) Author block with colon 著者の後は何で区切るか? 特に理由がなければ*で。 70問目 PUNCTUATION AFTER `IN PUNCTUATION AFTER `IN (*) Space after `in for incollection or inproceedings (c) Colon after `in (as `In ... ) (i) Italic `in and space (d) Italic `in and colon (x) No word `in for edited works Incollectionにおいて、まず目的のタイトルの後に「Inまたはin」をいれてその引用文献が含まれている本を書くが、そのInの区切り方。 投稿規程に合わせて。 71問目 `IN WITH JOURNAL NAMES (if using in with collections) `IN WITH JOURNAL NAMES (if using in with collections) (*) No `in before journal name (i) Add `in before journal name in style for incollection 雑誌名の前にinを含めるか? 聞いたこともないので*。 72問目 FINAL PUNCTUATION FINAL PUNCTUATION (*) Period at very end of the listed reference (x) No period at end 各引用文献の一番最後にピリオド(.)をつけるか? 投稿規程に合わせて。Springer系列だとx。 73問目 ABBREVIATE WORD `PAGES (if not using external language file) ABBREVIATE WORD `PAGES (if not using external language file) (*) `Page(s) (no abbreviation) (a) `Page abbreviated as p. or pp. (x) `Page omitted 「Page」という文字をどう省略するか? 投稿規程に合わせて。 74問目 ABBREVIATE WORD `EDITORS ABBREVIATE WORD `EDITORS (*) `Editor(s) (no abbreviation) (a) `Editor abbreviated as ed. or eds. 「Editor」という文字を省略するかしないか? 投稿規程に合わせて。 75問目 OTHER ABBREVIATIONS OTHER ABBREVIATIONS (*) No abbreviations of volume, edition, chapter, etc (a) Abbreviations of such words volumeやedition、chapterといった文字を省略するか? 投稿規程に合わせて。 76問目 EDITION NUMBERS EDITION NUMBERS (*) Editions as in database saving much processing memory (w) Write out editions as first, second, third, etc (n) Numerical editions as 1st, 2nd, 3rd, etc 本だと第~版か、ということも表記する場合がある。その場合の表記の仕方。 投稿規程に合わせて。 77問目 STORED JOURNAL NAMES STORED JOURNAL NAMES (*) Full journal names for prestored journals (a) Abbreviated journal names (s) Abbreviated with astronomy shorthands like ApJ and AJ 雑誌名を省略するか? 投稿規程に合わせて。 78問目 AMPERSAND AMPERSAND (*) Use word `and in author lists (a) Use ampersand in place of `and (v) Use \BIBand in place of `and andとして、「and」を使うか、「 」を使うか。 投稿規程に合わせて。 79問目 COMMA BEFORE `AND COMMA BEFORE `AND (*) Comma before `and as `Tom, Dick, and Harry (n) No comma before `and as `Tom, Dick and Harry (c) Comma even with 2 authors as `Tom, and Harry andの前に,を入れるかどうか?(2著者の場合もcに用意されている) 投稿規程に合わせて。 80問目 NO `AND IN REFERENCE LIST NO `AND IN REFERENCE LIST (*) With `and before last author in reference list (x) No `and as `Tom, Dick, Harry 引用文献リストにおいて、andを使うかどうか? 投稿規程に合わせて。andを入れる*の方が多いだろうか。 81問目 COMMA BEFORE `ET AL COMMA BEFORE `ET AL (*) Comma before `et al in reference list (x) No comma before `et al 多くの著者がいる場合に使うet al.の前にカンマ(,)をつけるかどうか? et al.の後ならまだしも、前にカンマというのは聞いたことがない。xで。 82問目 FONT OF `ET AL FONT OF `ET AL (*) Plain et al (i) Italic et al (r) Roman et al even when authors something else et al.の文字をどうするか? 投稿規程に合わせて。普通の文字(*)か斜体か(i)。 83問目 ADDITIONAL REVTeX DATA FIELDS ADDITIONAL REVTeX DATA FIELDS (*) No additional fields for REVTeX (r) Include REVTeX data fields collaboration, eid, eprint, archive, numpages, u REVTeXのフィールドがbibファイル中にあるか? 私はREVTeXというものを使っていないのでなんとも......*にしておきました。 84問目 E-PRINT DATA FIELD (without REVTeX fields) E-PRINT DATA FIELD (without REVTeX fields) (*) Do not include eprint field (e) Include eprint and archive fields for electronic publications 上記と同様の理由でとりあえずしらんぷりの*。 85問目 URL ADDRESS (without REVTeX fields) URL ADDRESS (without REVTeX fields) (*) No URL for electronic (Internet) documents (u) Include URL as regular item block (n) URL as note (l) URL on new line after rest of reference URLがbibファイルに含まれていた場合に表示させるか? 投稿規程に合わせて。 86問目 REFERENCE COMPONENT TAGS REFERENCE COMPONENT TAGS (*) No reference component tags in the \bibitem entries (b) Reference component tags like \bibinfo in the content of \bibitem bblファイルに出力される文献情報中の\bibitem内に\bibinfoのようなタグを含めるか? 私は使ったことがないので......*で。 87問目 EMPHASIS (affects all so-called italics) EMPHASIS (affects all so-called italics) (*) Use emphasis ie, \em, allows font switching (i) Use true italics ie, \it, absolute italics (x) No italics at all (u) Underlining in place of italics, best with ulem package 強調(斜体)、の命令として何を用いるか? 個人的な好み?とりあえずiを選択。 88問目 COMPATIBILITY WITH PLAIN TEX COMPATIBILITY WITH PLAIN TEX (*) Use LaTeX commands which may not work with Plain TeX (t) Use only Plain TeX commands for fonts and testing ptexとの互換性の話。latexでしか動かないようなコマンドを用いるか? ptexだけで動かすことは考えられないので、*。 Finished!!お疲れ様でした~!! Finished!! Batch job written to file `test.dbj Shall I now run this batch job? (NO) この一連のプロセスで出来上がるのは、実はbstファイルじゃなくて、.dbjというファイル。 んで、今ここで聞かれているのは、この.dbjファイルを処理し、目的のbstファイルを生成するか?ということ。 特に問題なければyで生成しよう。 カスタマイズに失敗しちゃった!! はい、88問という驚異的な質問ラッシュお疲れ様でした。めでたしめでたし.........という人はまずいません。こんな1個1個の問の意味を理解して正確に答えきるなんて無理です。必ずどっかで思い通りにない部分があります。 そうしたときに、また最初から始めて87個の質問に答えるなんてやってられません。久保さんの苦闘記録に従い、細かい修正は.dbjファイルを修正して対応します。 dbjファイルをいじる dbjファイルは先ほど作業した、c \makebst\直下に入っているはずです。 dbjファイルはテキストエディタ(何もない方はわーどとかでもいいです)で開きます。 で、よく見ると、先ほどの質問項目とその答えみたいなのがずらずらと並んでいます。 さらによく見ると、一部には行頭に%が付いていない箇所があります。 勘のいい方はもうお気づきでしょう。この、%が付いていない部分が先ほど答えとして選んだものです。 %はコメントアウト、と呼び、%以降に書かれているものをなかったものとして処理します。 つまり、カスタマイズがうまくいかなかった部分に関する質問を見つけ出し、修正したい答えの行頭の%を消し、かわりに間違って解答した選択肢の行頭に%をつけます。 dbjファイルからbstファイルへ コマンドプロンプトを立ち上げます。 cd c \makebst\と打ち込み、カレントディレクトリをdbjファイルのある場所に移動します。 latex test.dbj %ファイル名はそれぞれに合わせて と打ち込むと、bstファイルが生成されます。
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ニホンジカによる植生への影響に関する研究 目的 ニホンジカが増加する中で、ニホンジカが摂食する植物には影響が生じます。ニホンジカを管理する目標は、この植生への影響の低減にあります。しかし、植生への影響度は、植物の種類だけでなく、植物のサイズやその植物が置かれた周囲の環境などの影響も受けます。また、植生への影響は広範囲に及ぶため、調査労力の観点からどのような植生の指標を調査すべきかも明らかにする必要があります。 以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。 目次 ニホンジカによる植生への影響に関する研究目的 亜高山帯針葉樹林においてニホンジカによる影響が発生しやすい条件関連業績 調査地 調査項目 結果と考察 森林生態系におけるニホンジカによる影響として適切な指標関連業績 調査地 調査項目 結果と考察 亜高山帯針葉樹林においてニホンジカによる影響が発生しやすい条件 関連業績 Iijima, H. and Nagaike, T. 2015. Susceptible conditions for debarking by deer in subalpine coniferous forests in central Japan. Forest Ecosystems 2 33. (Open access) 調査地 南アルプス国立公園の北沢峠周辺 24個の調査区(10x40m)を設置(12個は標高2000m付近、残り12個は標高2500m付近) 調査項目 稚樹に対する剥皮の有無(稚樹は高さ30cm以上で高さ1.3mの直径が3cm未満) 稚樹密度 立木に対する剥皮の有無(立木は高さ1.3mの直径が3cm以上) 各調査区から最寄りの高茎草本群落までの距離 結果と考察 稚樹に対する剥皮は、 森林生態系におけるニホンジカによる影響として適切な指標 関連業績 Iijima, H. and Nagaike, T. 2015. Appropriate vegetation indices for measuring the impacts of deer on forest ecosystems. Ecological Indicators 48 457-463. 調査地 山梨県有林 322個の調査区を設置。調査区は林縁から50m林内に入り、林縁と並行に設定した50m。 調査項目 下層植生(ササとそれ以外)の被度(定性的に3段階で区分) 下層植生の最大高 下層植生に対する摂食の有無 立木に対する剥皮の有無(立木は高さ1.3mの直径が3cm以上) 林内の明るさ(定性的に3段階に区分) 結果と考察
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最近は武器と武器素材を太守様が募集されてる(物語開始時点) 邪教の集団 最近邪教の集団による反乱が各地で起きているらしい。 どんなキズや病気も治す魔法の聖水を配って人気を集めているとか。 まだこの辺には来てないが、太守様は軍備を増強して備えたいそうだな。 お蔭で、物流が最近あちこちで途絶えてる。 特に首都から持ち込む美術品や、高級織物なんかが不足して高値になってるな…… (金持ちが美術品とか買えなくて困ってる)
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ステータス 6927 名前: ◆yXghcjB/iQwq [] 投稿日:2016/03/11(金) 23 03 39.82 ID pCeZL+2m 【安価R18】鞠也はファンタジー世界で引っ越し代を稼ぐようです6【嫁獲得フェイズ!!】 ~鞠也引っ越し歴1年 夏7週 -‐= v =ー- /`y´ - ‐- \ ヽ / //´ ./ \ ヽ} / .〃// ! .| i! .! .! ∨ハ、\ i / l ハi|十从 ./ハ十ハ/| l|ハ ヽ |ハ. i!i!ハ ● V/ ●.リ ! |,'∧ )i! l 〃 Ⅵ ハ|.|l⊃ 、_,、_, ⊂⊃! i!)ミ∨リ.. /⌒ヽ__|ヘ ゝ._) //⌒i ∨レ. \ / | l>,、 __, イァ/ヽ_/}ヽ. 从 l||l| | /{;;;;;{;;};;;;}l||l人 . /! ヽ .ゝ、 バンバ. ( ⌒ ). | { 7;;;ハ;;\( ⌒ ). | \. ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ 鞠也ランド 人口: 小作89、鍛冶3、鍛冶見習い13、バイト12、孤児2 家: マリヤランド城1、鍛冶場1、小作屋敷23、孤児院1、鍛冶小屋1、いつきペア愛の巣 <産業 *小作人18家族 品質:わるい 年貢: 秋1週に 金貨360 *鉄鉱山 品質:ふつう 入山料 売上: 金貨+1枚/ *炭焼き釜x3 品質:さいこう 白炭7x3カゴ⇒製鉄へ 給料6枚/ *鍛冶場 品質:よい 売上: (ダイス *農地12エーカー 品質:(せいびちゅう 夏10週まで *風呂 品質:よ *高炉 品質:よい 木炭100枚+鉄鉱石100枚+石灰10枚=粗鉄100カゴ 製鋼12カゴ 販売88カゴ 給料40枚/ *マヨネーズ工房 品質:とても良い 原料60枚⇒毎週140本 ⇒(販売126)在庫50本 給料4枚/ <錬金釜生産ライン 研究ライン : 週3回試作でき 量産ライン1: 塩酸+グルテンx2 ⇒うまみー(高品質) 毎週350本 ⇒在庫0瓶(販売421本 量産ライン2: 塩酸+グルテンx2 ⇒うまみー(高品質) 毎週350本 量産ライン3: 土と種 ⇒トマト ⇒(CCの胃袋へ)トマトソース 2週 量産ライン4: 鉄、白炭 ⇒鋼インゴット(高品質)毎週50 量産ライン5: 鉄、白炭 ⇒鋼インゴット(高品質)毎週50 量産ライン6: 鉄、白炭 ⇒鋼インゴット(高品質)毎週50本 ⇒鍛冶屋へ26個、販売124 量産ライン7: 小麦4麦芽1酵母1 ⇒ウォトカ(高品質)4 毎週28タル ⇒在庫0タル *塩酸在庫14炭化ケイ素在庫7、キングオパール在庫17 <部下・購入 ○ピクミン隊A 30体 :木材採取 ⇒木炭へ 魔物のエサ:毎週/金貨72 ○ピクミン隊B 30体 :炭焼き補 ○ピクミン大隊イ 50体 :鍛冶屋手伝 ○ピクミン大隊ロ 50体 :鍛冶屋手伝 ○冷凍ヌタウナギ 1体 :護衛 ○ワイバーン 1体 :(趙雲が借りてる ○鍛冶屋の式 :鋼2個でカタナを週2振り、【120枚】 給料:春1週に 金貨0 ○鍛冶屋の灼岩 :鋼2個で弓を週2張【100枚】 給料:春1週に 金貨100 ○鍛冶屋のフォト子 :鋼3個で鎧を週1つ【100枚】 給料:春1週に 金貨150 ○見習い鍛冶13名 :鋼23個で武具を週23つ【260枚】 給料:春1週に 金貨1300 ○グルテン隊 4つ :週/▼52 ○トマトの土 :週/▼3 ○ウォトカ原料 :週/▼6 ○木炭 :週/▼100 ○鉄鉱石 :週/▼100 ○石灰 :週/▼10 ○マヨ原料 :週/▼60 ○領地整備 :週/▼200 ○趙雲隊 :週/▼4 (ふくろ2枚) <財政 週頭 金貨 0 売上 週 +枚 (産業1、うまみー121+150、マヨ23+50、ウォツカ10、武器360枚、鋼248枚、粗鉄220) 維持費 週 ▼枚 (祇堂家10いつき14白炭人6高炉40マヨ人4グルテ52トマト3ウォトカ6 木炭100、鉄鉱石100、石灰10マヨ材60魔物72孤児30趙雲19、領地整備200) イベント +枚 ()  ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ 収支 週 +0枚 週末 金貨 0枚 <レア AK-47M 激レア 金貨10000枚ぐらい? 弾薬パック オリハルコン 1つ 所持品 【本、参考書】 石油のひみつ (学研まんが ひみつシリーズ) 畜産の本 炭焼きの本 宝石の参考書一式 製鉄の参考書 銃と弾丸の本 家庭の医学全集 世界の酒とその作り方 調味料の参考書 現代ゴーレムの本 農業の参考書 水車の本 化学の本 建築素材の本 【種、苗】 小麦(きたほなみ、冬小麦) トマト(サンマルツァーノ、桃太郎)(苗作り中) ジャガイモ サツマイモ 【その他】 超大粒ダイヤ評価額金貨5000枚 イオン交換膜法実験プラント 業務用攪拌機 モゾウトウ(ダンボール合金製) 鑑定書つき、5カラットExcellentのダイヤ ニス、市販のトルエン含んでる奴 ソーラーパネル 大型シャンデリア(カットガラス)と小型電球45個 花火セット 野外スピーカー 非常用電源(ガソリン燃料) 帝国情報 7187 名前: ◆yXghcjB/iQwq [] 投稿日:2016/03/12(土) 00 10 03.27 ID mrMRkgKh >夏8週 マップ<マップ> □=異国 ◆=モンテ反乱軍 ●=邪教反乱軍 凸=帝国っぽいもの △=帝国っぽい軍 ▲=邪教軍 ■=モンテ軍 海□魔王領 <北方凍土> 海 海 ●黄金の夜明け団(盾子)+ラング、シーマ ◆ソロモン ●シン(オウキ) 海 凸ゴッサム(バットマン) △ガトー軍 ローラ軍△●フソウ(ヨシカ) 海 凸ムーンレイス(ローラローラ) 海 ◆ 凸トリントン(ガトー) 海 ◆帝都(ペンウッド帝) 凸ケイレン(クーデリア) 海 ◆ 海 □東方島国 凸 凸尾張(ねね) 海 凸希望ヶ花(クーデリア)海 凸サツマ(クーデリア) 海 ■新城軍 凸 凸 ●パプニカ(クロコダイン) ◆農大(けいぞう)海 ▲聖隊 海 凸狼の口(ウンターヴァルデン) ◆ジャンプ(色丞狂介) 海 凸 海 海 □南方王国A □南方王国C 海 □南方王国B
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野外播種したエゾマツの発芽及び生残に影響する要因の解明 目的 資源量が減少しつつあるエゾマツの個体群を維持、回復させるためには、植物の一生の中でも死亡率が高い発芽及びその後の生残に影響する要因を明らかにする必要があります。天然林でエゾマツ実生が大量に発生している場所は少ないため、天然更新したエゾマツを対象にすることも重要ですが、野外播種による研究も有効であると考えられます。 以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。 目次 野外播種したエゾマツの発芽及び生残に影響する要因の解明目的 倒木上のエゾマツの発芽及び生残に適した条件の解明関連業績 倒木上のエゾマツ実生の水分生理に関する研究関連業績 調査地 結果と考察 エゾマツの発芽及び生残にコケの高さが与える影響関連業績 調査地 結果と考察 倒木上のエゾマツの発芽及び生残に適した条件の解明 関連業績 Iijima, H. and Shibuya, M. 2010. Evaluation of suitable conditions for natural regeneration of Picea jezoensis on fallen logs. Journal of Forest Research 15 46-54. 倒木上のエゾマツ実生の水分生理に関する研究 関連業績 Iijima, H., Shibuya, M., Saito, H., and Takahashi, K. 2006. The water relations of Picea jezoensis seedlings on fallen logs. Canadian Journal of Forest Research 36 664-670. 調査地 結果と考察 エゾマツの発芽及び生残にコケの高さが与える影響 関連業績 飯島勇人, 渋谷正人, 斎藤秀之, 高橋邦秀. 2004. 倒木上のコケの高さがエゾマツ実生の生残と成長に与える影響. 日本林学会誌, 86 358-364. 調査地 大雪山国立公園 結果と考察
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Ⅱ型の回帰分析 2006年12月1日からこれまでの訪問者数 - ver 2.0に合わせて修正しました(2006/12/1) Ⅱ型の回帰分析 RMA回帰って?RMA回帰とは 2変量の関係を検討する 線形回帰:I型とII型が存在 II型の回帰 MAとRMAの違い これらの回帰直線を処理間で比較する方法 RMA回帰における回帰直線間の比較RMA回帰間の関係を検討する上で必要な仮定 SMATRの頭の中をのぞく -どのような計算をしているのか?- SMATRの使い方RMA回帰を処理間で比較したい貴方はコチラ! ソフトの入手方法 解析データの準備方法 解析方法 参考文献 引用文献 RMA回帰って? RMA回帰とは Reduced Major Axisを用いた回帰。SMA (Standardised Major Axis) あるいはGM (Geometric Mean) とも呼ばれる (Sokal and Rohlf, 1995)。RMAかSMAで表記されることが多いが、本稿では便宜的にRMAで表記する。 2変量の関係を検討する →補間ではなく、回帰がよく用いられる。実際に計測されるデータはいろんな誤差を含んでいるから。 回帰:線形・非線形が存在。 線形回帰:数学的に最適解を算出できる。 非線形回帰:数学的な最適解は存在しない。 線形回帰:I型とII型が存在 I型:X軸には誤差がないことを仮定。XからYを予測することを目的とする。 II型:X軸とY軸に誤差があることを仮定。XとYの関係を検討することを目的とする。 I型とII型で目的は異なる。XとYの関係の解析をしたい時はII型回帰のほうが適切であることは以前から指摘。 →何故か?I型回帰はXからYを予測することが目的であり、その傾きは (xとyの積和) / (xの平方和) で定義されている。そのため、X軸側に誤差が含まれる場合、実際よりも傾きが緩く推定されるから。 II型の回帰 MA (Major Axis) RMA (or SMA or GM) Bartlett s three group Method などがある。詳しい内容を知りたい方はSokal and Rohlf (1995)を参照されたい。 MAとRMAの違い MA:XとYの誤差を等価に考える。具体的には、各測定点と回帰直線の距離が最短になるような回帰直線をMAとする。すなわち、MA回帰直線に対し垂直に引かれた各測定点への直線の距離の和が最小になるようにする。MAの求め方に関しては 粕谷 (1997) の回帰のところに詳細な解説がある。 RMA:XとYの誤差を等価に考える点ではMAと同じだが、MAは各軸の単位が変わると別の回帰直線になってしまう。そのため、まずデータ (x, y) の2つの変数に関し、平均0、標準偏差1に変換する (Reduced)。このデータから傾きを生成し、元のデータに当てはめる。実際にはSMAの傾きは、変換前のデータを使って、 によって簡単に算出できる。 ちなみに、MAもRMAも (xの平均, yの平均) を必ず通るから、傾きが求まれば切片も計算できる。 これらの回帰直線を処理間で比較する方法 I型回帰:ANCOVA (共分散分析) II型回帰 (アロメトリーなどxとyに明確な独立-従属関係が考えられない場合、xとyの関係自体に興味がある場合はより適切):??? →近年までII型回帰の関数関係を比較する方法は存在しなかった。しかし、近年比較的合意が得られている方法として、RMA回帰による比較がある。 RMA回帰における回帰直線間の比較 RMA回帰間の関係を検討する上で必要な仮定 データの直線性。散布図を描いてみて直線的でないなら何らかの変数変換を考える必要がある。 等分散性 正規性←満たされなくてもロバストであるとはされているが... SMATRの頭の中をのぞく -どのような計算をしているのか?- 傾きの検定: 「尤度比検定」または「ならべかえ検定」のどちらか(ユーザーが選択する。デフォルトはならべかえ検定」。尤度比検定は、2つのモデルに有意差があるかどうかを、2つのモデルの対数尤度の差を-2倍した値を検定統計量とし、自由度 = (処理数) - 1のχ2分布を用いて検定する。1つのモデルは確率密度が表現できるモデルであればどのようなモデルでもよいが、2つ目は1つ目のモデルに制約を加えたものである必要がある。 しかし、RMA回帰の共通の傾きの検定では、この尤度比検定で検定すると第1種の過失を過大評価する傾向がある (らしい) ので、検定統計量をならべかえにより何度も生成し、以下の式から有意確率を算出するならべかえ検定を用意し、かつこちらをデフォルトにしている。 nはならべかえ回数、recalculatedはならべかえにより算出された検定統計量、observedはもともとのデータセットを用いて算出された検定統計量。これによって、pが0.05より小さければ処理間で傾きに差がある、と判定する。 切片の検定:通常のANOVAで検定する。ただし、各データ (x, y) を以下の要領により、(x ,y ) に変換し、xとyの相関を取り除いてから検定を行う。 y = y - bx, x = y + bx; bは共通の傾き。 SMATRの使い方 RMA回帰を処理間で比較したい貴方はコチラ! →SMATR (http //www.bio.mq.edu.au/ecology/SMATR) 日本でもSMATRを用いた論文が出始めている→飯島ら, 2004; Shibuya et al. 2005; Cho et al. 2005など。 特徴 フリーソフト Windows、Mac、Linux版がある 軽いのでほとんどの環境で利用できる (と思う) txt形式(タブ区切り)で保存したファイルを読み込む 元のファイルで一番上の列にラベルをつけ、それをソフト上で認識させることができる。 ソフト上で対数 (常用対数or自然対数) 変換ができる グラフィック機能は一切持っていない (別に絶対必要なものではないんだが) ソフトの入手方法 http //www.bio.mq.edu.au/ecology/SMATRにアクセスし、SMATR v2.0 (smatr.exe) と SMATR user s guide (SMATR_instructions.pdf) をダウンロードする。 ダウンロードしたソフトを、新しく適当に作ったフォルダの中に入れる。 以上。このソフトは単体で機能する。また、レジストリへの書き込みを行わないので、削除するときはそのままゴミ箱に入れればよい。 解析データの準備方法 Excelの例 Excel上で以下のようにデータを打ち込む。各列にデータが縦に並び、1行目はデータのラベル (そのデータの名前)、2行目以降にデータを入れる(下の図参照)。 用意したデータシートにinputという名前をつけ、タブ (tab) 形式で保存する。 保存したinput.txtファイルを、先ほどのSMATRソフト本体を入れたフォルダに移動する (重要! SMATRはその本体があるフォルダ内のファイルしか認識しない)。 データ入力例 解析方法 SMATRが立ち上がると、まず図1のような画面が現れる。 図1 この状態では、またデータは読み込まれていない。このソフトは、画面の指示に従いコマンド (lとかxとかキーボードの1文字が多い) を入力し、Enterすることで動作する。 最初の画面では、RMA回帰の関数関係を検討する上で必要な事項の設定を行う。 I - Input File 読み込むデータファイルの名前を指定するコマンド。デフォルトはinput.txt。先ほどファイルネームをinputとしたのはこのため。必要があれば変更する。 O - Output File 結果を出力するファイルネームを指定するコマンド。デフォルトはoutput.txt。(S)MATRのあるフォルダに勝手に生成される。 M - Method 統計方法。デフォルトはSMA。ほかには通常の回帰(Ordinary Least Squares Regression)、主軸(Major axis)が用意されている。あえてこれらの回帰の方法の比較をしたいのでなければ変更する必要はありません。 T - inTercept RMA回帰を行うときに、原点を強制的に通すかどうかの設定する。通常は必要なし。 E - measurement Error 測定に伴う誤差を(RMAでも何でも)回帰に反映させるためのコマンド。これを計算するためには、同じデータを繰り返し取ってみて、その繰り返し取られたデータを用いて測定そのものにどのぐらいの誤差が含まれるか検討する。通常同じデータを何度も取れる状況にはないので、重要なことだが使うことは少ないかも。 C - Confidence int 信頼区間。デフォルトは95%。 G - min Group size RMA回帰時に、最低必要なデータ数。デフォルトは6。 R - Resample 傾きの検定をするときに、デフォルトのならべかえ検定するか、Χ2分布を用いた尤度比検定を行うか選択。通常はならべかえ検定。 N - No. Iterations 傾きの検定時に行われる並べ替えの繰り返し数。デフォルトは1000。p 0.01以下の確率で並べ替えを行いたいときは5000とする。 P - Critical p-value 有意とする確率。デフォルトは0.05。 変更する場合は、変更したいコマンドを入力しEnterする。いじるとしたらi、o、nぐらいかな? 設定が終了したら、lを入力しEnterする。すると図2のような画面に移る。 図2 この画面では、読み込んだデータの認識方法に関する設定を行う。 G - Grouping variable グループ変数。いわゆる目的する処理を示している列。Gと入力してEnterすると、先ほどExcelで入力したデータファイルの1行目にあるラベルが並び、どのラベルがグループ変数なのかを聞いてくる。ラベルは数字で参照されているので、目的のラベルを示している数字を入力し、Enterする。 Y - y variables Y軸にくる変数。選択法はGと同じ。 X - x variables X軸にくる変数。選択法はGと同じ F - Filter variable フィルター変数。 T - Transformation データ変換。デフォルトはX-Yが直線-直線 (つまり無変換)。XとYに関し、無変換のままか、対数変換するかが選択できる。わざわざ対数変換したデータを読み込ませる必要がない。これはこのソフトの優秀なところ。 A - H0 slope あるひとつのRMA回帰に関し、得られる傾きがここで設定する値と有意に異なるかどうかを検定できる。2つ以上のRMA回帰間で関数関係を検討する場合はまったく無意味な設定。 B - H0 intercept あるひとつのRMA回帰に関し、得られる切片がここで設定する値と有意に異なるかどうかを検定できる。2つ以上のRMA回帰間で関数関係を検討する場合はまったく無意味な設定。 D - Display data 現在読み込まれているデータの値を示してくれる。それだけ。 ここでユーザは最低でもg、y、xを設定する必要がある。また、アロメトリーの場合によく用いられる対数変換をしたい場合は、tで設定すればわざわざ対数変換したデータを用意する必要がない。 例えば比較したいグループを示す、グループ変数を指定してみよう。gを押してEnterすると次の図3のような画面になる。 図3 すると、先ほど作ったinput.txtファイルで、1行目につけたラベルが表示されている。そして、各ラベルに数字がついている。smatrにどれがグループ変数か教えるには、グループ変数が書かれたラベルの数字を打ち込み、Enterする。すると図4のように、グループ変数がsmatrに認識される。 図4 この作業を、xとyに関しても行う。 ちなみに対数変換(自然、常用どちらでも)をしたい場合、tを押してEnterする。すると図5のようになる。 図5 0が常用対数、1が自然対数、2が変換しない場合である。ver 1.0であった、xかy片方だけ対数変換する項目はなくなった。実際にはほとんど使われないからだろう。 こうしてデータ認識に関する設定が終わったら、lを入力しEnterする。するとRMA回帰が各処理で生成され、処理間で傾きの検定が行われる。すると処理間で傾きの差が 有意な場合:図6 有意でない場合:図7 のような画面に移る (注:当然ですがここからの画面の数字の値はデータによって変わります)。 図6 この画面で見る必要があるのは、下から2番目のTest statistic p = 0.001。ここで処理間の傾きに有意な違いがあれば0.05以下となり、有意な差が見られなければ0.05以上となる。 図6の場合、処理間で傾きに有意差が見られたので、どことどこの処理間に差があるのかを多重比較する。一番下の行は、処理間で傾きの多重比較を行うかどうか聞いてきているので、yを入力しEnterする。 すると処理間で傾きの多重比較が行われる。検定はここで終了。次に出てきた画面でxを入力してEnterすると終了。結果はoutput.txtに示されている。 要注意!! (S)MATRでは、傾きの多重比較に関し、単なる対比較による有意確率しか示していない。そのため、示されている有意確率を、Bonferroni法やHolm法 (これが最も一般的。Bonferroni法は保守的すぎるのでHolmの方法が○) で調整し、family-wiseな有意確率を0.05にする必要がある。この辺の多重比較法に関しては永田・吉田 (1997) を参照。 図7 処理間で傾きに有意差が見られなかったので、共通の傾きを生成し、切片の検定に移る。共通の傾きを当てはめたときに、処理間で共通の傾きの垂直方向 (Y) と水平方向 (X) へのずれが生じているかの検定を行いますか?、と表示される。この場合はyを入力してEnterする。すると図8のような画面に移る。 図8 この画面では、切片の検定のために変換されたデータの保存、処理間で共通の傾きに対する垂直方向への差の検定、共通の傾きの水平方向での差の検定のいずれを行うか選択する。 S - save transformed data to disk 処理間で共通の傾きを当てはめることが可能な場合、切片の検定を行うが、切片の検定に際し、 y = y - bx, x = y + bx; bは共通の傾き によってデータを (x , y ) に変換する。この変換したデータを出力するためのコマンド。 R - compare Residuals for shifts in elevation 共通の傾きと垂直の方向に処理間でy の平均値に差が見られるかを検定。 F - compare Fitted values for shifts along the common slope 共通の傾きの方向に沿って処理間でx の平均値に差が見られるかを検定。 E - Exit 終了。 Rを入力しEnterした場合は、通常のANOVAにより、共通の傾きに対して垂直方向へのずれが生じているかを検定し、分散分析表が出力される(図9)。 図9 pが0.05より小さければ水平方向へのずれが有意に生じている。分散分析表の下に多重比較を行いますか?と表示されるので、pが0.05より小さければyを入力しEnterする。 すると多重比較が行われて検定は終了し、図8に戻る。 SMATR上では示されなかった結果もoutput.txtに保存されている。output.txtでは、SMATR上での設定、各処理へのRMA回帰の結果、行った統計処理の結果が順に示されている。 参考文献 粕谷英一. 1998. 生物学を学ぶ人のための統計の話~きみにも出せる有意差~. 文一総合出版. 通称ピンク本 (表紙がピンク色だから). Sokal, R.R., and Rohlf, E.J. 1995. Biometry the principles and practice of statistics in biological research, 3rd edition. W.H.Freeman, San Francisco. (S)MATRの作成者の一人であるWarton, I.D.さんのほーむぺーじ:http //web.maths.unsw.edu.au/~dwarton/ 引用文献 永田靖・吉田道弘. 1997. 統計的多重比較法の基礎. サイエンティスト社. 飯島勇人・渋谷正人・斎藤秀之・高橋邦秀. 2004. 倒木上のコケの高さがエゾマツ実生の生残と成長に与える影響. 日林誌, 86 (4) 358-364. Shibuya, M., Hasaba, H., Yajima, T., and Takahashi, K. 2005. Effect of thinning on allometry and needle-age distribution of trees in natural Abies stands of northern Japan. J. For. Res. 10 (1); 15-20. Cho, M., Kawamura, K., and Takeda, H. 2005. Sapling architecture and growth in the co-occurring species Castanopsis cuspidata and Quercus glauca in a secondary forest in western Japan. J. For. Res. 10 (2) 143-150.
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GLMについて GLMについてGLM概論GLMで扱う代表的な分布系 平均値と分散 GLMがいつ必要か? GLMで事前に指定しなければならないもの 誤差構造 線形予測子 リンク関数各誤差構造に対して最も一般的に用いられるリンク関数 GLMにおけるパラメータ推定方法 モデル選択AICについて RでのGLMのかけ方一般的な式の形 結果の見方 モデル選択 説明変数の相対的な重要度(IOV relative Importance Of Variable) GLM概論 GLMはGeneralised Linear Model(一般化線形モデル)の略。General Linear Model(一般線形モデル)の略として使われることもある。General Linear ModelはANOVAと回帰分析が似たような誤差分解方法を取ることから、ANOVAと回帰分析の総称として使われる言葉である。 GLMでは独立変数が線形結合している必要がある。線形結合しているモデルとは以下のようなモデルである。 各Xが独立変数としてモデルに組み込んだ要因である。 GLMでは指数関数族に属する分布を扱うことができる。正規分布のみを扱える回帰分析を拡張したものであるため、"一般化"という名前になっている。指数関数族の一般式は以下のように表される。 GLMで扱う代表的な分布系 代表的な指数関数族に属する分布は以下の通り。 平均値と分散 平均値 分散 GLMがいつ必要か? ある現象を説明するモデルを構築したいとき。これだけだと(重)回帰と同じだが、GLMは説明したい現象の起こり方が正規分布に従わない場合でも解析することが可能である。 例えば、個体が生き残った、死んだという現象や、あるプロットは0個体、あるプロットは7個体...というような現象の起こり方の分布は正規分布にはならない。このような場合に正規分布を仮定する(重)回帰を行うと、独立変数のパラメータ推定を誤る。 GLMで事前に指定しなければならないもの 誤差分布 線形予測子 リンク関数 誤差構造 得られたデータのばらつきがどのような構造をしているかを指定する。特に野外で得られるデータの分布は正規分布に従わないケースもあり、自分の取ったデータがどのような分布になるのかはデータの取り方やデータのヒストグラムを書いてチェックする必要がある。主に扱えるのは以下の分布。 カウントデータ (0 x,ただしxは整数) ポアソン分布 あるなしデータ (x = 0 or 1) ベルヌーイ分布 あるなしデータ (x = 0 or 1)を複数回やってできる分布 二項分布 連続データ (0 x) かつ左右非対称 ガンマ分布 連続データ (-∞ x ∞) で左右対称 正規分布 正規分布だったら重回帰でも対応できる。 線形予測子 線形予測子とは、独立変数の効果を線形に合計したもので、以下のような式で表される。 式の左側が線形予測子、xが各独立変数である。βはこれから推定するパラメータ(その独立変数の傾きのようなもの)である。ちなみに式の右側は線形構造と呼ばれる(各要因の和の形になっているから)。 リンク関数 誤差構造で指定した分布の形にデータを変換するための関数がリンク関数である。線形予測子は、データから得られた期待値をリンク関数によって変換することによって得られる。よって、線形予測子は以下の式でも表される。 ここでg()はリンク関数であり、μは期待値である。 各誤差構造に対して最も一般的に用いられるリンク関数 正規分布 ポアソン分布や負の二項分布 二項分布 GLMにおけるパラメータ推定方法 最尤推定法を用いる。具体的には、iteratively reweighted least squares (IRWLS)法によるパラメータ推定を行う。 ηとμを観測値から得る。μはyの値、ηはμをリンク関数で変換したものである。 "調整された従属変数"zを算出する。zはによって与えられる。 重みwを、によって得る。 ηを得るために、βを再推定する。具体的には、重みwをつけてzを従属変数、想定している要因を独立変数とした回帰を行い、新たなβを得る。βが新しいηとなる(ηに逆リンク関数を適用すればμも算出される) 4.によって得られるβの値が安定するまで、2.-4.を繰り返す。 モデル選択 線形モデルにどの変数を含めるべきかを判断する方法としては、 尤度比検定 自由度調整済みR2値 AIC が挙げられる。最も一般的なのは、AICによるモデル選択である。 AICについて AICは以下の式で定義される。 RでのGLMのかけ方 一般的な式の形 result - glm(y ~ x1 + x2 + ..., family=**(**), data=**) y ~ x1 + x2 + ...の部分は単にモデル式の指定である。 family=binomial(logit)の部分は、family=binomialで誤差構造の指定を、(logit)の部分はリンク関数の指定である。ちなみにbinomialの場合は何も入力しなければデフォルトでリンク関数はlogitになる。 data=seizanの部分は、データが入っているオブジェクトの指定である。 例えば、二項分布なら、 result - glm(y ~ x1 + x2 +... , family=binomial(logit), data=seizan) となる。 結果の見方 summary(result) のように、結果を付与したオブジェクトをsummary()に入れることで、結果の完全な要約を出力することができる。 モデル選択 AICによるモデル選択を行う場合は、Rにすでに関数が用意されている。 library(MASS) stepAIC(result) こうすると、AICによるモデル選択が行われ、AICが最も小さくなるモデルが選択される。ただし、stepAIC()によるモデル選択では、全ての(可能性がある)モデル間でAICを比較しているわけではない(らしい)ので、必ずしもAIC最小モデルが選択されるとは限らない。 説明変数の相対的な重要度(IOV relative Importance Of Variable) 重回帰であれば、標準回帰係数を使えばいいのだが、誤差構造に様々な分布を取りうるGLMでは、relative Importance Of Variable (IOV)を使う。 ヌルモデルからフルモデルまで、全ての組み合わせのモデルの中で、どのモデルの重要度が高いのかを、Akaike weightによって算出する。 Akaike weight(=wi)は以下の式で定義される。 Δiは、当該モデルと、AIC最小モデルとのAICの差である。 これによって、各モデルにwiが付与される。 各独立変数の重要度(IOV)は、その変数が含まれる全てのモデルの、wiの和で定義される。 IOVは0から1までの値をとり、1に近いほどその変数が従属変数に大きな影響を与えていることを示す。現在のところ、自動で計算する関数はRでは用意されていないので、計算する自作のスクリプトをここに載せておく。 iov.txt 使うときは、この関数を一度Rにコピペしておいて、データフレームをアタッチし、以下の要領で走らせる。ただし、データフレームは、従属変数が一番右の列になるように作る必要がある。 上記の関数コピペ attach(df) #データフレームをアタッチ result - akaikeW(df,poisson(log)) #データフレーム, 誤差構造(リンク関数) #リンク関数はなくても大丈夫です。 result #結果が表示される #どうやらカテゴリー変数が数字以外で与えられていると #エラーを吐き出すようですが、結果を表示させると #計算は出来ています。 誤差構造は自分に合わせて指定する。また、リンク関数を指定しないときは、誤差構造で デフォルトに設定されているリンク関数が適用される。
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ニホンジカの個体群動態の推定 目的 ニホンジカの個体数管理を進める上で、ニホンジカが「いつ」「どこに」「どれだけ」「どのような要因で」存在するのかを明らかにすることは重要です。しかし、野生のニホンジカの数を数えることは技術的に困難です。また、ニホンジカの数を数える調査を継続的に実施することは、予算面での困難も伴います。 そのため、誤差が大きくかつ限られたデータからニホンジカの個体群動態やそれをもたらす要因を明らかにする必要があります。以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。 目次 ニホンジカの個体群動態の推定目的 ニホンジカ密度および捕獲率の時空間変動の推定関連業績 用いたデータ 開発したモデル 結果と考察 ニホンジカの環境収容力の空間異質性とその要因 ニホンジカ密度および捕獲率の時空間変動の推定 関連業績 Iijima, H., Nagaike, T., and Honda, T. 2013. Estimation of deer population dynamics by Bayesian state-space model with multiple abundance indices. Journal of Wildlife Management 77 1038-1047. 用いたデータ SPUE(出猟カレンダーから「ニホンジカの目撃数」と「出猟人日」を取得) 糞塊密度 区画法 なお、これらのデータは得られている地点数及び収集年に大きな違いがあります。 開発したモデル 結果と考察 ニホンジカの環境収容力の空間異質性とその要因 (論文が掲載になったら紹介します)
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R作図 このページでは、Rで作図する基本的な手順を紹介したいと思います。いい図はデータ解析を助けてくれますので、ぜひ自分の思い通りの図を描けるようになってください。 R作図 Rで作図するメリット・デメリットメリット デメリット Rにおける作図手順 高水準作図 低水準作図関数凡例を表示 特殊なフォントを使う 棒グラフにエラーバーを発生させるbarplot()の場合 barplot2()の場合 散布図に直線を当てはめる 対数軸で自由に軸幅設定 軸目盛ラベルの角度変更 カテゴリーごとにシンボルの異なる図を描くas.numeric()を使いこなす 描画するシンボルや色を指定したい! 複数の図を自動で描く図のレイアウトlayout()で自由な図の配置 相性抜群のsplit()とfor()split()の動作 for()の動作 例外処理 図全体に対する装飾 完成コード Rで作図するメリット・デメリット メリット データを解析しながら作図できる 複数の図を描くときに自動化できる 様々な形式で図が出力可能(png, jpg, メタファイル, pdf, epsなどなど) 低水準作図を駆使すれば、フォーマットが決まっていない図も描ける(地図など) デメリット マウスで何か操作する訳ではないので、関数を知らないとどうにもならない 複雑な作図だとコードが長くなる 低水準作図で次々と要素を足していったときに、途中で間違えても戻れない 個人的には、複数の図が自動化ですぐにかける点と、低水準作図を駆使することでフォーマットにとらわれない図がかける点が特に便利だと思います。これらの点は、データを見る上で(ひいては統計解析する上で)データをよく見るために欠かせません。 ということで、私も昔はExcelで作図していましたが、Rで作図する方が研究にとっては100倍ぐらい楽だと思っています。 なお、筆者の力量不足のため、このページではlatticeによる作図は取り扱いません。 Rにおける作図手順 どんな図を描くかよく考えます。既成のフォーマットにとらわれる必要はありません。ノートにラフスケッチするのもいいでしょう。 図を描くにあたり、データの形(並び方)が作図に適しているか考えます。何かしらの要因が横方向に展開しているデータの形式は好ましくありません。また、自動でいくつもの図を描くのであれば、split()などでデータを分割しておく必要があるでしょう。 出来上がる図が、高水準作図で用意されている図で作成できそうか考えます。どうにも当てはまらない場合、高水準作図で空の空間だけ発生させます。 低水準作図で細かいところまで仕上げます。 とにかく大事なのは、どういう図を描きたいのかよく考えることです。そしてその図は、既に見たことがある図でもいいですし、全く新しい図でもかまわないのです。自分が言いたいことをもっともよく表現してくれそうな図がどんな図か、よく考えましょう。 高水準作図 高水準作図は、「すでに形ができあがっている図を出力する作図」です。図の種類としては、 plot() 散布図 pairs() 対散布図(全ての2変数の組み合わせについて散布図を作成) boxplot() 箱ひげ図(カテゴリーごとのデータのばらつきを見るのに有効) barplot() 棒グラフ。Rコアチームの意図か、デフォルトではひどく見栄えの悪い関数 pie() 円グラフ scatterplot3d() 三次元散布図。library(scatterplot3d)で呼び出せる などがあります。 低水準作図関数 低水準作図は、図に細かく装飾をしていく作図です。これを駆使すると、一から新しい図を作図することもできます。 凡例を表示 legend()を使う。 例えば d - rnorm(100, 10, 5); e - d + rnorm(100, 5, 2) plot(y ~ x) #まず図の生成 legend("topleft", legend="x") #凡例を図に表示させる legend("出力位置", legend="つけたい名前")という指定をしている。 2組の凡例(例えばxとy)を同時発生させる場合は、 plot(y ~ x) legend("topleft", legend=c("x", "y")) とする。単に名前の部分がベクトルで複数になっただけ。 さらに、2組の凡例で、かつ(シンボル テキスト)というような見せ方をしたい場合。 plot(y ~ x) legend("topleft", legend=c("x", "y"), pch=c(15,19), col=c("yellow","purple")) legend("出力位置", legend=c("xのラベル","yのラベル"), pch=c(xのシンボル,yのシンボル), col=c("xのシンボルの色","yのシンボルの色"))という指定をしている。 デフォルトでは凡例に枠がついてしまうが、これを消したい場合は、legend()の引数で legend(......, bty="n") とすればよい。 特殊なフォントを使う expression()を使う。 例えばplot()中でイタリック文字を使いたいとき、 plot(y ~ x, xlab=expression(italic("イタリック文字ににしたい文字"))) とすればよい。 数式も記述できる。 plot(y ~ x, xlab=expression(paste("RGR (mg ",mg^-1,year^-1,")"), ylab="") expression内のpaste内で記述する。普通の文字にしたい部分は""でかこみ、数式処理をしたいところはそのまま記述する。今回は^で上付き処理をしている(下付きは[])。通常部分と数式部分は,で区切る。 棒グラフにエラーバーを発生させる barplotとarrows関数を使う barplot2関数を使う barplot()の場合 y - c(1,3,11,8,15) #値のベクトル error - c(0.1,0.3,1.1,0.8,1.5) #エラーバーの長さ(標準偏差とか) location - (0.2 + 1) * 1 5 - 1/2 #エラーバーを発生させる位置(x座標)。 最後のエラーバーの位置指定は一見よくわからない式だが、Rの棒グラフは棒グラフ間は0.2、棒グラフの太さは1がデフォルトである。棒グラフの中心にエラーバーを発生させるのであれば、x座標は最初必ず0.2あいて、それに棒グラフ1本が来て1が足され、そこから半分の0.5が引かれている。そして1 5で2本目、3本目...とどんどん位置を指定している。ちなみに名前は何でもよい。 というように、値そのもの、エラーバーの長さ、エラーバーのx軸の位置を指定するオブジェクトを生成しておいて、 barplot(y) #ここでまず棒グラフが生成される arrows(location, y, location, y + error, angle=90) (エラーバーの基部のx座標,基部のy座標,エラーバーの先端のx座標,先端のy座標,エラーバーの角度)という指定の仕方 これで棒グラフに上向きのエラーバーが生成される。もし下向きのも付け加えたいときは arrows(location, y, location, y - error, angle=90) とすればよい。 barplot2()の場合 barplot2はgplotsというパッケージ内にある。 y - c(1,3,11,8,15) error - c(0.1,0.3,1.1,0.8,1.5) barplot2(y, plot.ci=T, ci.l=y-error, ci.u=y+error) というように、barplot2 (値そのもの、エラーバーを作るか作らないか(Tで作るにしている)、エラーバーの下限値、エラーバーの上限値) とすればよい。 散布図に直線を当てはめる lsfit()で回帰直線を生成し、abline()で散布図に結合する。 例えば plot(x,y) #まず散布図を生成 abline(lsfit(data$x, data$y)) #lsfit内で回帰直線を生成、#ablineで散布図に結合 とすればよい。 または、 model - lm(y ~ x) #回帰分析の結果をmodelに結合 plot(x,y) #散布図の生成 abline(model) #modelに結合された回帰直線をablineによって散布図に結合 対数軸で自由に軸幅設定 axis()を使う。 通常図の軸幅は par(lab=c(*, *, 7)) によって指定する。前の二つで、x軸とy軸につける目盛の数を指定できる。最後の数字はラベルのサイズを指定するはずなのだが、どうやらRには移植されていないコマンドらしい。 ところが対数軸にすると、このグラフィックスパラメータは機能しない。そこで以下のようにする。 plot(x, y, xaxt="n", ...) #xaxt="n"で軸を書かないようにする。 axis(1, c(0.1,1.0,10.0,100.0)) #自分で軸を設定。 axis(軸の場所(1は図の下に軸をおけという意味(3が上、右が4、左が2)), c(に区切りを挿入する場所))である。 軸目盛ラベルの角度変更 軸目盛ラベルの角度は通常グラフィックスパラメータlas=*を高水準作図関数内の引数として記述する。 las=0 #各軸(x,y)に対して平行にラベルが出現 las=1 #軸に関わらず全て水平にラベルが出現 las=2 #各軸に対して垂直にラベルが出現 las=3 #軸に関わらず全て垂直にラベルが出現 さらに、角度を詳細に指定して描きたい場合がある。この場合、一度ラベルなしの軸を描き、その上に低水準作図関数text()を利用してラベルを挿入する。ただしtext()で今回のように欄外に文字を発生させる場合、あらかじめ欄外に文字を書いてもよいという指定をする必要がある。以下ではboxplotでの作成例。 par(xpd=T) #図の外に文字を書くことを許可する指定 boxplot(column1,column2,column3, xaxt="n") #xaxt="n"で軸を書かないように axis(1,at=1 *,labels=F) # *は欲しい目盛の数(何個目盛を打つか)、labels=Fは目盛ラベルを表示しない指定 x - 1 * # 目盛ラベルのx座標の指定、*は欲しい目盛の数 y - rep(-5,*) #目盛ラベルのy座標の指定、-5はグラフの値によって適時修正、*は欲しい目盛の数 text(x,y,c("A","B",...), srt=**, adj=1) text()内の説明:x,yはそれぞれ先ほどの位置を指定する変数、c()は実際に入力したい目盛ラベルの名称が入ったベクトル、srt=**が本題の、目盛ラベルの角度を指定するパラメータ、adj=1はラベルを右揃えにするパラメータ(ラベルの角度によってadj=0左揃え、adj=0.5中央揃えのほうが見栄えがよいときがあります) カテゴリーごとにシンボルの異なる図を描く カテゴリーを数字として扱うこと、数字で色やシンボルの形が指定できるのがポイントです。具体例を以下で示します。 e - rnorm(100, 10, 5) #架空データの生成 f - e + rnorm(100, 5, 2) #同上 g - rep(LETTERS[1 4], each=25) #同上(カテゴリーデータ)。 #LETTERSはRに最初から用意されている文字列ベクトル d - data.frame(e, f, g) #データフレーム化 plot(f ~ e, d) #普通に描画すると、全てのカテゴリーが同じシンボルになってしまう plot(f ~ e, pch=as.numeric(g), d) #カテゴリーごとにシンボルが異なる as.numeric()を使いこなす as.numeric()は文字列だろうが無理矢理数字にしてしまう関数です(数字はアルファベットの速い順から1、2、......とつきます)。これをカテゴリー変数にすることで、各カテゴリーごとに異なる数字がシンボルの形を示す引数pchや色を示す引数colに投入されます。 なので、色も同様に変えられます plot(f ~ e, pch=as.numeric(g), col=as.numeric(g), d) 描画するシンボルや色を指定したい! as.numeric()を使うと確かにデータにあわせてシンボルや色は変えられますが、基本的には1から順に番号が振られるので、必ずしも思い通りのシンボルや色になりません。こういう時には、事前にシンボルや色を指定しておきます。 iro - c("black", "red", "blue", "green") katachi - c(0, 1, 15, 16) #番号によってどのようなシンボルが出力されるかは #library(Hmisc) ; show.pch()を見てください。 plot(f ~ e, pch=katachi[as.numeric(g)], col=iro[as.numeric(g)], d) さて、上記のコマンドは何を意味しているのでしょうか?ベクトルの性質を思い出してみましょう。 ベクトルはある一つながりのデータです。先ほど作ったiroやkatachiもベクトルです。ベクトルの特定の要素(何番目)を取り出すには、[]を使うことができました。例えば、 iro[3] [1] "blue" というように、上記の通りiroの3番目は"blue"でしたが、そのiroの3番目の要素を取り出しなさいということを、iro[3]で実行したわけです。 ここで上記の作図コマンドに戻ります。iroやkatachiの[]内にはいずれもas.numeric(g)が入ってますね。as.numeric(g)は前述の通り、カテゴリーを数字化したものです。すなわち、アルファベットで最初にくるカテゴリーについては1が、アルファベット順で2番目のカテゴリーについては2が、......とそれぞれ値が返ります。 これによって、iroあるいはkatachiの何番目の要素を取り出すかを、as.numeric()でカテゴリーごとに指定することで、カテゴリーごとに別な色やシンボルを表示させています。 これらの性質を考慮すると、例えば1番目のカテゴリーの色は何色でシンボルはこの形、という希望があれば、iroやkatachiの1番目の要素をその希望する内容に変えてしまえばいいのです。これによって、カテゴリーごとに色やシンボルを変更でき、かつ希望のパタンに変更する、ということが可能になります。 複数の図を自動で描く 先ほどは異なるカテゴリーのデータを同一の図に描画しました。今度は、カテゴリーごとに図を描きます。 といっても、一つ一つの図のコマンドを書いていたのではコードが膨大になり、また間違いが発覚した際に直す箇所も複数生じてしまいます。こういう時は、for()を使って自動化することを考えます。 このように、複数の図を自動で描く場合の基本的な手順は以下のようになります。 図を何行×何列で表示させるのか決める データフレームをsplit()でカテゴリーごとに分割する for()で、カテゴリーごとの図の描画を全カテゴリー分繰り返す では、以下で実際例を見ていきましょう。 図のレイアウト 図を何行×何列で表示させるのか指定する方法としては、 par(mfrow=c(行数, 列数)) layout() の2つの方法があります。図を描く順番等を特に考える必要がないなら前者でいいでしょう。 layout()で自由な図の配置 layout()は、何番目の図をどこに描くかを数字で指定します。そのため、例えばある図だけ2行にわたって表示させたり、4カテゴリー目の図を1番最初に表示させたいなど、不規則な図の表示をさせるときに使います。例えば、 1番目の図 4番目の図 2番目の図 3番目の図 というような配置にしたければ、 layout(matrix(c(1, 4, 2, 3), ncoL=2, byrow=TRUE)) と指定します。matrix()はその名の通り行列を作る関数で、ncolは行列の列数、byrow=TRUEにすると、c()で投入した文字が行方向から埋めるように指定することになります。 別の例を見てみましょう。 1番目の図 4番目の図 3番目の図 2 番 目 の 図 というような配置にしたければ、 layout(matrix(c(1, 4, 3, 2, 2, 2), ncol=3, byrow=TRUE)) と指定します。2番目の図が他の図3つ分のスペースに広がって表示させるために、2を3回指定しています。 相性抜群のsplit()とfor() 図のレイアウトが決まったら、カテゴリーごとに図を描画します。その際の基本的な考え方は、 データをカテゴリーごとに分割し、カテゴリーごとのデータフレームを使って 図を描く作業を全カテゴリー分繰り返す となります。 split()の動作 split()は、データフレームをあるカテゴリーごとに分割することができます。実行方法は、 d2 - split(d, d$g) となります。では、実際にはどのように分割され、またどのようにして取り出すことができるのでしょうか? 今回のカテゴリーですが、 levels(d$g) [1] "A" "B" "C" "D" という4カテゴリーです。ちなみに、 nlevels(d$g) [1] 4 とすると、カテゴリー数を取り出すことができます。 つまり、データは4つに分割されているはずです。この、分割されたデータを取り出す方法は2つあります。 カテゴリー名を指定する カテゴリーの順番を番号で指定する 実際に見てみましょう。 #カテゴリー名指定 d2$A #カテゴリーの順番を番号で指定 d2[[1]] この、番号でも分割したデータをカテゴリーごとに取り出せる点が、繰り返し動作をさせる関数for()との相性の上で重要です。 for()の動作 for()は、ある動作を繰り返し実行させる関数です。最初から言葉で説明するとわかりにくいと思うので、実行例を見てから説明したいと思います。 par(mfrow=c(2,2)) #図を2×2で配置すると指定 for (i in 1 4) { + plot(f ~ e, d2[[i]]) + } すると、図が4つ生成されたと思います。これを順に説明します。 まず1行目です。 for (i in 1 4) { とありますね。 iは、繰り返しを指定する「文字」です。別にiである必要はなく、どんな文字で構いません。 inは、先ほどのiという文字に、inの右にある内容を代入する、という意味です。 1 4は1,2,3,4という数字の集まりです。 一番左の{はこれ以降が繰り返す内容だよ、としきるための括弧です。 つまり、iという文字に1、2、3、4が次々と代入されるという意味になります。 2行目です。 plot(f ~ e, d2[[i]]) とありますね。この行は先ほどの{の内側なので、繰り返される内容です。ポイントはplot()で使うデータフレームで、 d2[[i]] とあります。ここで1行目で指定したiが出てきましたね。 ここがポイントで、iには1行目で指定した数字が代入されます。すなわち、最初は d2[[1]] となり、次は d2[[2]] となり、......と、全カテゴリーについて繰り返されることになるのです。 split()で分割したデータフレームは数字でも取り出すことができ、for()によって数字を次々に代入することで、分割した各カテゴリーごとに図を描く作業を、全カテゴリー分繰り返すことが可能になるのです。 3行目です。単に}があるだけですね。これは、繰り返す内容がここで終わりだよ、と示しています。 例外処理 さて、このように複数の図を描くとき、全ての図が同じ形でいいということはあまりありません。例えば左側の図だけy軸を表示したいなど、例外処理が必ず発生します。例外処理は、if (条件式) {動作内容}やif (条件式) {動作内容} else {条件式がFALSEの場合の動作内容}などで制御します。 図全体に対する装飾 完成コード 以上の手順をまとめると、以下のようになります。 #データの準備 e - rnorm(100, 10, 5) #架空データの生成 f - d + rnorm(100, 5, 2) #同上 g - rep(LETTERS[1 4], each=25) #同上(カテゴリーデータ) d - data.frame(e, f, g) #データフレーム化 d2 - split(d, d$g) #カテゴリーごとにデータを分割 #図のレイアウト par(mfrow=c(2,2)) #forによる自動作図 for (i in 1 nlevels(d$g)) { + plot(f ~ e, d2[[i]]) + legend("topleft", legend=unique(d2[[i]]$g), bty="n") + } #図全体の装飾 mtext(1, line=2, outer=TRUE, text="X") mtext(2, line=2, outer=TRUE, text="Y")
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htmlプラグインエラー このプラグインを使うにはこのページの編集権限を「管理者のみ」に設定してください。 htmlプラグインエラー このプラグインを使うにはこのページの編集権限を「管理者のみ」に設定してください。 運営会社 ヤマトホームコンビニエンス株式会社 JANet [750-1000][BR][TX] 2005-06-27 -2006-06-27